"Biografia Prevosta nie jest jednak wolna od kontrowersji. W Chiclayo oskarżano go o nieskuteczne działania w sprawie księży podejrzanych o molestowanie. Jedna z kobiet twierdzi, że Prevost nie powstrzymał duchownego przed odprawianiem mszy, mimo wcześniejszych sygnałów. Kuria tłumaczyła, że śledztwo zostało uruchomione, ale później zamknięte przez Watykan; zostało wznowione przez nowego biskupa.

Również w USA pojawiły się zarzuty. Jako przełożony regionu augustianów Prevost miał zatwierdzić przeniesienie księdza podejrzanego o molestowanie chłopców do