Wpis z mikrobloga

Co wiemy o nowym brytyjskim szczepie koronawirusa? Na razie na pewno tyle, że wywołuje ataki paniki w mediach.

Pod koniec listopada stopniowe opadanie liczby nowych przypadków w UK zahamowało, a ilość zarażeń zaczęła rosnąć. Wszczęto w związku z tym bardziej dokładne badania genetyczne, aby sprawdzić, czy ma to związek ze zmianami samego wirusa. Wariant o charakterystycznym układzie mutacji otrzymał więc w systemie nazwę VUI – 202012/01, co oznacza pierwszy grudniowy szczep objęty śledztwem epidemiologicznym. Jego wyróżniającą cechą jest 17 mutacji rozsianych w różnych częściach genomu wirusa.

Nie jest to jak się okazało szczep całkowicie nowy. Pierwszy genom zawierający wszystkie te mutacje zarejestrowano w bazach danych w październiku, na podstawie wymazu z września. Potem nie pojawiał się w badaniach przesiewowych, najwyraźniej więc występował tak rzadko, że przechodził przez sito testów. Teraz podczas grudniowej górki zachorowań stał się jednym z częstszych szczepów w południowo-zachodniej Anglii, czyli na obszarze pojawiania się większości dodatkowych zachorowań. W rejonie Norfolku stanowi 20% a w Essex 10% przebadanych szczepów. Tak duża zmiana częstości szczepu w połączeniu z faktem, że najwięcej jest go w rejonach o największej ilości nowych przypadków może sugerować, że to on odpowiada za grudniową górkę nowych przypadków.

Albo i nie.

Alternatywne wyjaśnienie jaki mi przychodzi do głowy, to efekt wąskiego gardła i zbieg okoliczności. Restrykcje epidemiczne zmniejszyły ilość linii genetycznych wirusa przekazywanych dalej i zmniejszyły ryzyko zarażania. Pod koniec listopada ludzie sobie odpuścili z trzymaniem się tych zasad, szansa na zarażenia wzrosła a z powodu mniejszej ilości szczepów, które przeszły przez krytyczny okres, wrześniowy szczep, który przypadkiem przetrwał, zaczął stanowić istotną część puli.

Informacje o tym, że nowy wariant może mieć nawet o 70% większą zakaźność to wyliczenia bazujące na korelacji wzrostu częstości szczepu i wzrostu ilości nowych przypadków ogółem. Danych doświadczanych na razie nie ma.

Z 17 charakterystycznych mutacji szczepu zwraca się uwagę na jedną, która może mieć jakieś znaczenie kliniczne - mutacja N501Y, we fragmencie kodującym jedną z jednostek wiążących białka S, odpowiedzialnego za łączenie wirusa z komórką. Zmiana tego miałka może mieć wpływ na siłę i selektywność wiązania z receptorami komórek. Na te białka nastawione są też szczepionki. Także organizm produkuje przeciwciała głównie przeciwko białku S, które najbardziej wystaje z otoczki wirusa. Zmiany w tym krytycznym punkcie będą więc miały jakiś wpływ na trzy ważne rzeczy.

Badacze zwracają uwagę, że akurat przeciwciała są dużo mniej specyficzne; białka z którymi się wiążą powinny mieć podobny ogólny kształt. Dzięki temu organizm reaguje na wiele wariantów. Mutacja podmieniająca jeden aminokwas nie powinna więc zmieniać reakcji organizmu. Ryzyko, że nowy szczep będzie zarażał ozdrowieńców lub zaszczepionych, jest więc niewielkie. Natomiast kwestia wpływu na zaraźliwość jest niejasna i jeszcze nie zbadana. Po prostu nie mamy danych.

Do 15 grudnia zanotowano ponad 1600 przypadków zachorowania na nowy szczep, Większość w rejonie metropolitalnym Londynu i hrabstwie Kent. Genomy te filogenetycznie pochodzą z pierwszego zarejestrowanego we wrześniu. Ten zaś wywodzi się ze szczepów zarejestrowanych już w UK. Czyli jest to mutacja "rdzennie brytyjska" a nie nowy import.

Czy decyzja o zamknięciu Wielkiej Brytanii jest słuszna, to się dopiero okaże. Europa nie chce trzeciej fali z nowym bardziej zaraźliwym szczepem. Tymczasem RPA donosi, że u nich także pojawiła się fala wzrostu zachorowań z nowym wariantem 501.V2, który także zawiera mutację w miejscu N501Y, ale nie pochodzi od brytyjskiego. I on miałby być bardziej zaraźliwy, najwyraźniej bez wpływu na śmiertelność.

https://virological....e-mutations/563

https://www.bmj.com/...t/371/bmj.m4857

Przypomina to historię z mutacją D614G odkrytą w lipcu. Wtedy też były komentarze, że mutacja może mieć wpływ na rozprzestrzenianie. Dziś wiemy już, że były to przypuszczenia słuszne - szczepy z tą mutacją niemal całkiem wyparły wcześniej występujące i dziś są najczęściej wykrywanymi w Europie i Ameryce. Zarazem jednak wirusy z tą zmianą nie są bardziej groźne. Ostatnia analiza dowodzi, że wprawdzie odmiana ta osiąga wyższą ekspresję w górnych drogach oddechowych, co ułatwia tworzenie aerozolu cząstek wirusowych i zarażenie, ale nie zmienia nasilenia objawów. U zwierząt zarażonych równocześnie starym i nowym szczepem, ten drugi zaczynał dominować w infekcji.
https://science.sciencemag.org/content/370/6523/1464
#koronawirus #koronawirusfakty #medycyna #uk
  • 24
Informacje o tym, że nowy wariant może mieć nawet o 70% większą zakaźność to wyliczenia bazujące na korelacji wzrostu częstości szczepu i wzrostu ilości nowych przypadków ogółem. Danych doświadczanych na razie nie ma.


@KubaGrom: A nie bylo to na podstawie tego ze testy PCR sa teraz pozytywne przy mniejszych ilosciach krecenia co oznacza wiekszy viral load ?
@Jak-qb
Zależy z którym. Duński zmutowany szczep "Cluster 5" którego się najbardziej bano, przestał się pojawiać w drugiej połowie listopada. Była to odmiana z unikalnymi mutacjami. Wstępne analizy pokazują, że przeciwciała z osocza ozdrowieńców gorzej reagowały na ten szczep.
Jest jeszcze ludzki szczep (Y453F), który też wykrywano w norkach, ostatnia informacja z początku grudnia podaje, że na północy Jutlandii stanowi nadal część zachorowań ale nie wykazuje tendencji do bardziej intensywnego szerzenia.
@KubaGrom: Jakoś 2 miesiące temu była panika, że na farmach norek w Danii znaleziono nową odmianę wirusa, mieli wybić wszystkie norki, do czego nie doszło, a temat po jakimś czasie ucichł. Tutaj jeśli nie zmutuje nam wirus na jakiegoś potężnego zabójcę (na co się póki co nie zanosi), to pewnie za miesiąc też zapomnimy o tej odmianie.
@bartpl: Zależy od mutacji. Przeciwciała tworzą się przeciwko konkretnym białkom i rozpoznają je po stopniu dopasowania. To nie musi być 100%, stąd bierze się zresztą reakcja krzyżowa a także niektóre choroby autoimmunologiczne. Jeśli mutacja podmienia aminokwas na podobny to stopień dopasowania się nie zmieni. Jeśli zmiana następuje w kluczowym miejscu i powoduje zmianę kształtu białka to dopasowanie przeciwciał spada. Szczepionką zapewne zawiera jeden wariant i jedno białko wirusowe. Mutacje w innych
@KubaGrom:

Ja bym tu jeszcze dorzucił ten obrazek:

I ten fragment:

The B.1.1.7 lineage carries a larger than usual number of virus genetic changes. The accrual of 14 lineage-specific amino acid replacements prior to its detection is, to date, unprecedented in the global virus genomic data for the COVID-19 pandemic. Most branches in the global phylogenetic tree of SARS-CoV-2 show no more than a few mutations and mutations accumulate at a
Pobierz destruktiv_komando - @KubaGrom: 

Ja bym tu jeszcze dorzucił ten obrazek:

I ten ...
źródło: comment_16085594314AfkDgLW8jSUoTbPHx9qqA.jpg