Czy program Avogadro nadaje się do modelowania struktur jonów z mapowaniem potencjałów elektrostatycznych? Czy można obliczyć rozmiary takich struktur? A może jakiś inny program? Jakieś porady?
@Szatanski_werset: A w czym chcesz potem robić te obliczenia? Avogadro generalnie jest spoko, ale żaden program nigdy nie przygotuje w 100% cały input poprawnie.
@Szatanski_werset: A tak odpowiadając, każdy program się nada :) Bo kwestia leży nie w Avogadro, tylko potem czego użyjesz, czyli Gaussian/Gamess/Orca/Turbomole/etc
@Quantistico: mógłbyś trochę więcej o tym opowiedzieć? Wymodelowałem struktury, ale po wygenerowaniu sfer van der Waalsa, mam wrażenie, że program nakłada po prostu siatkę o stałej odległości od atomu, bez uwzględnienia wiązań pi w pierścieniu itd. Można jakoś w tym programie pomierzyć odległości tych struktur po zaintalowaniu jakichś rozszerzeń? Albo jak te odlogłości wyznaczyć?
#chemia #programowanie #studbaza #doktorbaza #nauka #avogadro