Wpis z mikrobloga

@miud: Chyba nei czaję o co Ci chodzi.

Odpinasz metodę od eventu CheckedChange
Zmieniasz statusy checkboxow
Podpinasz metody.

Możesz też po prostu ustawić jakieś pole na true przed zmianą zaznaczenia i w evencie sprawdzać wartość, będziesz wiedział, skąd to pochodzi.
Możesz też użyć właściwości checkboxa Focused, będziesz wiedział czy user kliknął w zaznaczenie czy nie.

Zależy co i jak chcesz osiągnąć ;)
@miud: Zbinduj checkboxa używając wzorca MVVM. Wtedy możesz dowolnie nimi manipulować wywołując za każdym razem metodę NotifyPropertyChanged(). Dostępne tylko w WPF, Windows Store i WindowsPhone.