uzior
Analiza ponad 50 000 pacjentów onkologicznych ujawniła dwa odrębne tryby dziedziczenia toksyczności terapii systemowej. 🩺🧬

W Memorial Sloan Kettering duży model językowy przetworzył ponad 50 000 historii leczenia, tworząc MSK-Tox: zasób częstości, czasu i stopnia toksyczności terapii przeciwnowotworowych. Sześć zdarzeń - zapalenie płuc, niewydolność nadnerczy, toksyczność wątroby, zapalenie jelita grubego, nadczynność i niedoczynność tarczycy - tworzy różne krajobrazy zależne od nowotworu, schematu i kontekstu. Cechy przed leczeniem pozwalają przewidywać ryzyko indywidualnie. Wykryto dwa
1
uzior
Nowa metoda wpina duże fragmenty DNA w ludzkie komórki bez przecinania podwójnej helisy. 🧫🩺

Metoda prime assembly łączy celowanie CRISPR z syntezą dwóch klapek, pozwalając RNA-programowalnie wstawiać jedno- lub dwuniciowe fragmenty DNA w wybrane miejsce. W przeciwieństwie do naprawy przez homologiczną rekombinację działa podobnie w komórkach dzielących się i niedzielących. Autorzy użyli jej do przepisania eksonów, wstawiania transgenów i przegrupowań o skali megazasad, także w pierwotnych komórkach ludzkich na loci istotnych terapeutycznie. Nie
3
uzior
Modyfikacja miejsc przyłączenia rekombinazy podnosi skuteczność precyzyjnej integracji DNA do 51,9% w ludzkich komórkach. 🧫

W Nature Biotechnology opisano racjonalne projektowanie chimerycznych miejsc att, sekwencji rozpoznawanych przez rekombinazę Bxb1. Wariant attB(V111) osiągnął 51,9% skuteczności integracji w komórkach HEK293T (1,7 razy więcej niż dziki typ) oraz 35,6% w protoplastach ryżu (4,4 razy więcej). W połączeniu z pojedynczym mutantem domeny katalitycznej Bxb1 system wstawiał kasetę CAR CD19 z wydajnością 31%, a kasetę transkarbamylazy ornitynowej z
1
uzior
Wstawienie 12 500 par zasad DNA bez dwuniciowych pęknięć jest już możliwe. 🧫

Donor-complementary prime editing (DoPE) łączy dwuniciowy donor DNA z 3'-nawisem, parę komplementarnych pegRNA i edytor PE2. W jednym kroku, bez dwuniciowych pęknięć DNA, rekombinaz i transpozaz, umożliwia precyzyjne wstawienie sekwencji do 12,5 kb. Z użyciem jednej pary RNA i pul donorów z syntetycznych oligonukleotydów przeprowadzono saturację mutagenezy regionu EGFP w rozdzielczości pojedynczych aminokwasów i nukleotydów. Metoda działa z wstawkami od
1
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
Wodz_stalowa_pecina
@uzior: 12510 nie da rady?
0
uzior
@Wodz_stalowa_pecina: nie ma szans
0
uzior
Zamiana 2,9 kb endogennej sekwencji w ludzkich komórkach HEK293T osiąga wydajność 57,8%. 🧫🧬

W Nature Biotechnology opisano prime assembly (PA). Wykorzystuje edytory prime, by wytwarzać jedną lub dwie pary jednoniciowych końców 3′ na genomie i donorze. Te końce łączą się precyzyjnie, podobnie jak w metodzie Gibsona, co umożliwia wycinanie regionów rzędu megabaz i wstawianie donorów o długości 1,0 - 6,5 kb. W komórkach HEK293T zastąpienie endogennej sekwencji donorem 2,9 kb zachodzi z wydajnością
0
uzior
FanzMAX v3-hLa osiągnął skuteczność edycji do 97% w najlepszym locus endogennym. 🧫

EvoMax łączy iteracyjne pomiary eksperymentalne z regresją procesów Gaussa, białkowymi modelami językowymi i inverse folding, by nawigować po krajobrazach sekwencja-fitness przy skąpych danych. W połączeniu z odkryciem ortologów Fanzor2 i inżynierią szkieletu ωRNA dało to wariant FanzMAX v3-hLa. W 19 endogennych loci osiągnął średnio 33% edycji, w najlepszym 97%, pokonując kompaktowe edytory enNlovFz2 i enCnCas12f1 ponad 2,6-krotnie.

Kompaktowy rozmiar ułatwia dostarczanie do
1
uzior
Model OptiPrime przewiduje efektywność edycji prime editing, uwzględniając mechanizm naprawy DNA. 🧫

W Nature Biotechnology zespół Davida Liu przedstawia OptiPrime - model uczenia maszynowego oparty na mechanizmach prime editing. Osiąga najwyższą dokładność w przewidywaniu efektywności edycji i wyników wariantów PE3 i twinPE, uwzględniając m.in. naprawę niedopasowań (MMR). Potrafi proponować ciche mutacje omijające MMR, co podnosi skuteczność edycji. W testach w komórkach ludzkich i mysich oraz w mózgu myszy z mutacją KIF1A skorygował patogenną
0
uzior
Pojedyncza zmiana w genie Neurexin1α osłabia zdolność mózgu do powstrzymania się od reakcji na dźwięk. 🧠

Zespół z Uniwersytetu Pensylwanii zbadał neurony w ogonie prążkowia - podkorowym węźle sensorycznym mózgu. U myszy wykonujących zadanie słuchowe Go/NoGo obie klasy neuronów kolczystych reagowały na dźwięki, ale tylko neurony szlaku pośredniego utrzymywały długotrwałą aktywność, gdy zwierzę słyszało ton nakazujący powstrzymanie akcji. Wyciszenie tej aktywności chemogenetycznie zwiększyło liczbę błędów - myszy reagowały na sygnały, które powinny zignorować.
1
uzior
W nie-dzielących się kardiomiocytach człowieka udało się precyzyjnie skorygować mutację przy użyciu edycji genomu bez matrycy homologicznej. 🧫

REPLACE używa dwóch gRNA do wycięcia wadliwego fragmentu i NHEJ do wstawienia dawcy bez ramion homologicznych. W pierwotnych mysich hepatocytach osiągnięto 35% skuteczność wymiany egzonu. W wątrobie dorosłych myszy, dostarczając składniki za pomocą eVLPs i AAV, uzyskano ~20% edycji. W zygotach wymieniono 27 kb region Ace2. W post-mitotycznych kardiomiocytach pacjenta skorygowano mutację LMNA, przywracając ekspresję
4
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
uzior
Niemal 100 różnych mutacji w genie RHO prowadzi do tej samej dziedzicznej ślepoty, uniemożliwiając terapię celowaną w jedną zmianę. 🧫🩺

Zespół użył nukleaz z palcami cynkowymi ZF-ND1, aby przeciąć DNA w rejonie 5'-UTR genu RHO. Przez HITI (integrację niezależną od homologii) wprowadził terapeutyczny gen do pręcików. Dwa wektory AAV5 podane podsiatkówkowo u szczurów utrzymały grubość warstwy jądrowej zewnętrznej oka przez 6 miesięcy. U makaka odsetek skorygowanych pręcików przekroczył 20% - próg skuteczności (preprint,
0
uzior
Najsilniejszy genetyczny czynnik ryzyka choroby Alzheimera został precyzyjnie zamieniony na wariant ochronny. 🧫🩺

Z użyciem edytora prime editor 7 (PE7) i zoptymalizowanego pegRNA skorygowano allel APOE4 do neutralnego APOE3 w neuronach myszy i ludzkich. Edycja zachodziła specyficznie, bez wykrywalnych efektów niecelowanych. U myszy z APP/APOE4 obniżyła poziom ApoE4, akumulację Aβ42, fosforylację tau i aktywność szlaku ERK1/2, poprawiając przeżycie neuronów i funkcje poznawcze. To samo działanie potwierdzono w indukowanych neuronach od pacjentów z APOE3/4.

Po
0
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
uzior
Bakteryjne nanomaszyny wstrzykują wybrane białka do komórek roślinnych z wydajnością ponad 75%, gdy zwiększy się dostępność receptora FLS2. 🧫⚗️

W preprintzie (oczekuje recenzji) badacze przekierowali system PVC z Photorhabdus na roślinny receptor FLS2, modyfikując włókna ogonkowe. Nanomaszyny dostarczyły do protoplastów rzodkiewnika rekombinazę Cre (do 15% skuteczności) oraz edytor genomu R2, który precyzyjnie wstawił reporter mCherry. W liniach nadprodukujących FLS2 odsetek trafionych komórek liści przekroczył 75%.

Otwiera to drogę do celowanej, bezDNA-wej inżynierii genomu roślin
1
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
uzior
Nowotwory krwi diagnozuje się dziś średnio w 7 - 14 dni, przez serię oddzielnych badań. Lamprey robi to w kilka minut, jednym testem. 🩺🤖

To głęboki klasyfikator oparty na metylacji DNA, wyszkolony na 8544 pacjentach. Rozróżnia 86 typów nowotworów hematologicznych z dokładnością >98% - działając bezpośrednio z danych sekwencjonowania nanoporowego. Koszt: 82 dolary za próbkę.

Jeden test zastępuje morfologię, immunofenotypowanie, cytogenetykę i biologię molekularną. Diagnoza w jeden dzień, dostępna nawet w ośrodkach bez zaawansowanego
2
bioslawek
bioslawek
OŚMIORNICE I INNE GŁOWONOGI EDYTUJĄ SWOJE GENY: Science 6 April 2017

Ośmiornice edytują swoje geny, wpływające na kształt RNA w celu dostosowania swojej fizjologii i morfologii (budowy ciała) w odpowiedzi na wymogi środowiska. Nowy, wspaniały przykład dostosowywania w ramach normy reakcji na środowisko (ewolucji kontrolowanej lub naturalnej biotechnologii komórkowej). Tego typu mechanizmy są mylnie interpretowane przez neodarwinistów i przypisywane przypadkowej ewolucji (https://bioslawek.files.wordpress.com/2015/02/zrzut-ekranu-z-2015-02-19-211825.png?w=1094&h=824).

Są to jednak wyrafinowane procesy o cechach zaawansowanego technicznie projektu,
16
bioslawek
bioslawek
OŚMIORNICE EDYTUJĄ SWOJE GENY: Science 6 April 2017

Ośmiornice edytują swoje geny, wpływające na kształt RNA w celu dostosowania swojej fizjologii i morfologii (budowy ciała) w odpowiedzi na wymogi środowiska. Nowy, wspaniały przykład dostosowywania w ramach normy reakcji na środowisko (ewolucji kontrolowanej lub naturalnej biotechnologii komórkowej). Tego typu mechanizmy są mylnie interpretowane przez neodarwinistów i przypisywane przypadkowej ewolucji (https://bioslawek.files.wordpress.com/2015/02/zrzut-ekranu-z-2015-02-19-211825.png?w=1094&h=824).

Są to jednak wyrafinowane procesy o cechach zaawansowanego technicznie projektu, które są sterowane
12
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze

Powiązane tagi