[farmaceut]

Hej Mirki-programiści. Pomóżcie, bo już 2 dzień siedzę nad tym i nie mogę.
Mam takie drzewo katalogów:

CCSDTQ-P-_L_FREQs
├──compound_1
│   ├── basis_set_1
│   │    └── DUNHAM
│   │      ├── functional_1   
│   │      │     └── *.out 
│   │      ├── functional_2 
│   │      [...]└── *.out 
│   │      └── functional_N
│   │           └── *.out 
│   ├── basis_set_2
│   [...]
│   └── basis_set_I
├──compound_2
├── [...]
└──compound_J

Z każdego pliku *.out muszę wyciągnąć wartości dla Re, We, WeXe, WeYe, oraz ALPHAe. Nie są one obok siebie, ale ogólnie powiązane, mogą być w różnych miejscach pliku, może ich nie być, ale są z powiązane z tekstem. Na przykład :

`                      Equilibrium bond distance Re=    1.296196(    0.000002)`
`                             Harmonic frequency We=   1656.0382(      0.0009)`
`                          Anharmonic constant WeXe=     11.8240(      0.0015)`
`                   Second anharmonic constant WeYe=      0.0412(      0.0015)`
`       Rotation-vibration coupling constant ALPHAe=    0.016339(    0.000000)`

W efekcie pracy kod powinien stworzyć folder results w folderze CCSDTQ-P-_L_FREQs z plikami w .csv nazwanymi według formatu {basis_set_I}_{property}.csv, które zbierają dane tak jak na przykładzie poniżej.:

COMPOUND    {functional_1}  {functional_2}  {...}  {functional_N}
{compound_1} {value_11} {value_12} {value_1...} {value_1N}
{compound_2} {value_21} {value_22} {value_2...} {value_2N}
...
{compound_J} {value_J1} {value_J2} {value_J...} {value_JN}

Mój kod jest tutaj — https://paste.ofcode.org/JpcZpkT9fnT7GVEMaWCPkA
Ale nie działą...
Przykładow output — https://paste.ofcode.org/rbajgYkAdauu6ePDkhT86V
Czemu... ? Docenie pomoc, bo już nie mam siły.

#programowanie #programista15k #naukaprogramowania #python #it #kiciochpyta #pytaniedoeksperta #pytanie

[B.....f]

@farmaceut: a nie prościej
awk '/Equilibrium bond distance Re=/ {print $NF}' dane.out

[farmaceut]

@Bad_Wolf: No niestety właśnie nie ! ( ͡° ʖ̯ ͡°) Musze to zebrac w ten sposob, poniewaz potem idzie do dalszej obrobki

[B.....f]

@farmaceut: wiesz, że tego nawet nie warto analizować bo jest #!$%@? po całości.

import os

def find

[Pharos]

@farmaceut: Kurła, wstęp brzmial jak jakieś niewiadomoco, a ty musisz tylko znaleźć czy coś występuje. Idż pan w uj. xD

[Oo-oO]

@farmaceut: no opisane całkiem nieźle, ale nie w pełni - ta tabelka compound name - nie wiadomo skąd i czego to tyczy powyżej w twoim przykładzie. Napisałeś - "nie działa" a to też nic nie mówi - uruchamia się? Zwraca błąd? Wyniki są nieprawidłowe?

Zajrzałem na kod i niestety - zgodzę się z Bad wolfem - no nie wygląda to na coś przyjemnego do czytania ;)
Podziel na funkcje, a

[farmaceut]

@Bad_Wolf: @Oo-oO @Pharos
Mam ponad 1000 plików .out
W każdym do 5 zmiennych, które szukam
W 3 różnych bazach
W 17 różnych funkcjonałach.

... no nie zrobię tego ręcznie. Przecież to zajmie wieki

[farmaceut]

Narazie udało mi się trochę przerobić kod, żeby był header row zawsze :

https://paste.ofcode.org/3bR6qr8zt8KCbRHNPTm2S6a

[B.....f]

@farmaceut: chcesz python, ok
Ale awk, grep, cat, echo będzie szybsze i efektywniejsze. Ale jak wolisz

[farmaceut]

@Bad_Wolf: @Bad_Wolf Z awk,grep, cat i echo to juz w ogole nie wiem jak zrobic... Zwłaszcza, ze musze mieć to w formie tabelki, aby potem otworzyć w Excelu

[mrq]

@farmaceut: całkiem grube zadanie jak na tag nauka programowania :)

Może i wydaje się proste w ogólnym zamyśle bo to tylko trzy główne elementy:
- znaleźć plik/pliki,
- przeszukać plik,
- stworzyć nowy plik lub dodać do istniejącego pliku