Wpis z mikrobloga

@ponuraszafa: @adenosine: Potrzebuję wyjaśnienia w jaki sposób tworzy się tablice podobieństwa typu BLOSUM, albo PAM, jak działają i po co są potrzebne. Wiem tylko, ze potrzebne są do określenia alignmentu przy BLAST, ale niebardzo rozumiem samego mechanizmu działania.
I jeszcze jakie są zalety rekordu GenBank.
BLOSUM :
-Wszystkie macierze na podstawie danych empirycznych
-Opracowywane na podstawie sekwencji o dalszym pokrewieństwie ( przy czym tutaj musisz pamiętać o wartościach które są przy nazwie samej macierzy ( np BLOSUM60 ( btw najczęściej używana) dotyczy sekwencji o podobieństwie 60%).
-Podobieństwo sekwencji rośnie wraz ze
wzrostem indeksu( czyli to co napisałem wyżej w nawiasie)
-Nie uwzględnia bezpośrednio ani właściwości fizykochemicznych aminokwasów, ani podobieństwa genetycznego (podobieństwa kodonów)

PAM:
-Tylko PAM1 na podstawie