Ireneusz Fąfara w latach 2010-2018 był prezesem Orlen Lietuva, czyli spółki płockiego koncernu na Litwie. Od czerwca 2020 roku jest prezesem 4Cell Therapies, firmy z branży medycznej.

Fąfara w latach 2007-2009 był prezesem Banku Gospodarstwa Krajowego. Ponadto w przeszłości pracował też w Banku Energetyki S.A. w Radomiu oraz był członkiem zarządu ds. ekonomiczno-finansowych w Zakładzie Ubezpieczeń Społecznych.

Był też członkiem rad nadzorczych m.in. Agencji Rynku Energii S.A. w Warszawie, Kompanii Węglowej S.A.,