[farmaceut]

Mam pytanie... Jak użyć tego skryptu? ( ͡° ͜ʖ ͡°)
Potrzebuję zrobić parę diagramów dla energii potencjalnej takich jak ten na samym dole strony...

https://github.com/giacomomarchioro/PyEnergyDiagrams


#unix #programowanie #python #pytanie #apple

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Właśnie najlepsze, że diagramy energii najlepiej do 'norm' są z tego pierwszego skryptu...

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: O, znalazlem coś takiego https://www.jfurness.uk/energy-level-plotter/

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Tylko otwierając ten plik EnergyLeveller to jest struktura html xD Dafaq?

[Wrath_of_the_Tyrant]

@farmaceut: https://github.com/BackgroundNose/EnergyLeveller

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Nawet jest GUI :O

[Wrath_of_the_Tyrant]

@farmaceut: z tego co widzę, to tutaj te całe struktury się opisuje w pliku .inp, a GUI jest tylko do wczytywania tego pliku

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Czyli mozna, nie trzeba, hmm?

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Tak czy tak musze zainstalować jakiś moduł CAIRO

[Wrath_of_the_Tyrant]

@farmaceut: ten plik https://github.com/BackgroundNose/EnergyLeveller/blob/master/example.inp

tworzy https://github.com/BackgroundNose/EnergyLeveller/blob/master/example.pdf

U mnie ten skrypt zadziałał na pythonie 2.7 prawie od razu, tylko musiałem doinstalować moduł 'wx'

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Umiescilem te pliki (EnergyLeveller.py oraz inputfile.inp) w site-packages. Po wpisaniu kolejno:
iMac-Maciek:~ Maciek$ cd /usr/local/lib/python3.6/site-packages, a potem
iMac-Maciek:site-packages Maciek$ python EnergyLeveller.py inputfile.inp

[Wrath_of_the_Tyrant]

@farmaceut: ja zrobiłem sobie folder gdzie wrzuciłem te dwa pliki EnergyLeveller.py oraz GUIEnergyLeveler.py i w tym folderze wrzuciłem dla testu ten plik example.inp.

Nie miałem żadnego błędu z tym cairo. Dziwne. Doinstaluj cairo przez homebrew, pobierz może pythona 2.7 i wtedy poprzez pythona 2.7 spróbuj ten skrypt uruchomić.

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Na Mac to jest ciekawie zrobione... Domyslnei jest zainstalowany python 2.7, a przy instalacji za pomoca Homebrew nie dochodzi do jego podmiany na 3.6 tylko 'doinstalowania' jako osobna aplikacja. Zrobie jak mowisz

[Wrath_of_the_Tyrant]

@farmaceut: jak jest błąd w stylu "No module named _xxxxx" to wtedy oznacza najpewniej, że trzeba zainstalować bibliotekę której brakuje i skompilować daną wersję pythona od nowa. Ja tak wczoraj robiłem z wersją 3.5 jak mi wyrzucało błąd w module Tkinter.

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Ehhh... Ile to roboty, a jeszcze nie wiadomo o co chodzi :_:

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Działa =D Ale to jest szalone... Pisze, że brakuje tylko 'cairo' (a jest), a trzeba instalować też jakieś py2cairo... Potem pisze, że brakuje pango, a okazuje się, że trzeba zainstalować najpierw pango, a potem jeszcze pygtk >_> To proba generalna moich wartosci energii =D

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Ja pizgam xDDDD Wyglada to lepiej... More cos pokombinuję jeszcze...

[Wrath_of_the_Tyrant]

@farmaceut: trzy skrypty na trzy oblały test. Nie wierzę, że nikt nie wpadł na to, że można mieć wartości o takich małych różnicach :(

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Ja tez xD Szczegolnie, ze i tak bawilem sie w przeliczanie hartree na kcal/mol (hartree maja roznice rzedu 0.000X, to dopiero)

[farmaceut]

@Wrath_of_the_Tyrant: Zreszta probuje to na cztery sposoby:
W atomowych jednostkach enerigi [a.u.] - bardzo małe różnice są wtedy;
W kcal/mol - bardzo duże liczby powstają;
Relatywnie, w jednostkach atomowych (wyjsciowa struktura 0 a.u.) - zbyt małe różnice...;
Relatywnie, w kcal/mol - zbyt duży przeskok między energią zrelaksowanych i