uzior
DartUniFrac przyspiesza porównywanie mikrobiomów nawet tysiąckrotnie, skalując się do milionów próbek i miliardów taksonów. 🧫🧬

UniFrac mierzy różnice między próbkami mikrobiomu z uwzględnieniem pokrewieństwa filogenetycznego, ale słabo radzi sobie z dużymi zbiorami. Nowy algorytm DartUniFrac, opisany w Nature Biotechnology, łączy UniFrac z ważoną miarą Jaccarda i wykorzystuje algorytmy szkicowania. Implementacja z akceleracją GPU jest do trzech rzędów wielkości szybsza od klasycznego UniFrac, co pozwala porównywać miliony próbek parami i analizować miliardy taksonów.

Dzięki temu
uzior
Bakterie z rodzaju Helicobacter sprawiają, że komórki raka jelita grubego zaczynają prezentować antygeny, co aktywuje układ odpornościowy. 🩺🧫

W mysim modelu guzów stabilnych mikrosatelitarnie (MSS) obecność tych bakterii zahamowała wzrost nowotworu i przerzuty. Mechanizm polega na indukcji ekspresji MHC-II w komórkach raka poprzez szlak CIITA. W organoidach ludzkich guzów MSS zwiększona ekspozycja MHC-II nasiliła apoptozę wywołaną przez limfocyty. (preprint, oczekuje recenzji)

Otwiera to drogę do immunoterapii (blokada PD-1/CTLA-4) w opornym dotąd raku jelita grubego
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
uzior
uzior Autor
2
@saib75: z dedykacją:

Niektóre bakterie potrafią "pokazać" układowi odpornościowemu komórki raka, które wcześniej skutecznie się ukrywały. Dzięki temu organizm może zacząć z nimi skuteczniej walczyć.
saib75
saib75
@uzior: napisz po ludzku.
worm_nimda
#wirom #mikrobiom #nauka #biologia #kurzgesagt
Człowiek się uczył o mikrobiomie. A tu cyk, okazuje się, że mikrobiom ma swoje wirusy, więc my ludzie mamy swój wirom. Generalnie to dość nowy temat (ostatnie 15-20 lat? nawet na wiki nie ma polskiego artykułu). Jeden wielki, inteligentny domek z nas dla mikrobów i wirusów. I te małe s--------y atakują też komórki nowotworowe. Człowiek
SVCXZ
SVCXZ
  • adult
15
Treść przeznaczona dla osób powyżej 18 roku życia...
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
SVCXZ
SVCXZ
8
Kalejdoskop #66: Jedzenie, motywacja, odchudzanie i mikrobiom jelit
Ten sam newsletter, ale za każdym razem inny :-)

Garść informacji:
1. Od teraz na Wykopie będą pojawiać się świeże, aktualne numery Newslettera ʕ•ᴥ•ʔ
2. Powstała lista
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
CamusVevo
#biologia #medycyna #mikrobiom #ngs
mam jakieś zaćmienie mózgu może ktoś ogarnięty w metagenomice mi rozjaśni xD jeśli mam np 150 milionów readów w jednej próbce z sekwencjonowania shotgun, to czy subsamplując losowo do np miliona readów nie dostałbym porównywalnego wyniku? odpowiedź na to pytanie wydaje się dość oczywistym "nie" bo przecież wtedy po prostu moglibyśmy robić płytsze sekwencjonowanie, ale wtedy pojawia się pytanie -
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze