Z jakichś tajemniczych powodów Marcinkus już od początków pontyfikatu staje się jednym z faworytów Jana Pawła II. Według wielu źródeł papież czuł szczere przywiązanie do tej kontrowersyjnej postaci. Marcinkus wkrótce staje więc na czele słynnego Banku Watykańskiego, który pod jego kierownictwem zostaje wplątany w niezliczone intrygi finansowe i kilka spektakularnych skandali. Włoskie organy sprawiedliwości oskarżały prałata o korupcję, ale on cały czas cieszył się immunitetem dyplomatycznym Watykanu. Podejrzewa się go nawet o podżeganie do zabójstw, w tym papieża Jana Pawła I, zmarłego w tajemniczych okolicznościach po zaledwie miesiącu pontyfikatu. Jednak pogłoski te nigdy nie zostały potwierdzone.

Homoseksualność Marcinkusa jest natomiast potwierdzona zupełnie wystarczająco. Około 10 prałatów z kurii, którzy bywali u Amerykanina, potwierdza, że był zapalonym łowcą przygód.