Serial poprzedza długometrażowy film wprowadzający widzów w losy stacji kosmicznej Deep Space Nine. Benjamin Sisko, komandor stacji kosmicznej Deep Space Nine, opuszczonej przez Kardazjan, a zajętej przez Bajoran i Federacje, odkrywa pierwszy stabilny tunel nadprzestrzenny. Stacja położona jest koło planety Bajor, a jej mieszkańcy uznają Sisko za wysłannika ich bóstw. Tunel prowadzi do kwadrantu Gamma, po drugiej stronie galaktyki. Ta część galaktyki zdominowana jest przez Dominium - groźną, wrogo nastawioną