[KubaGrom]

W dostępnych bazach danych genetycznych pojawiła się już próbka z Polski. To genom wyizolowany od pierwszego chorego z Zielonej Góry. O ile się dobrze orientuję, w bazie Gisaid jest to pierwszy i jedyny genom jakiejś choroby izolowany w Polsce i opublikowany. Wszystkich genomów w bazie jest dla nowego koronawirusa 1200, całkiem sporo biorąc pod uwagę, że od roku 2012 w bazie umieszczono 2 tysiące genomów grypy sezonowej (0 z Polski), 1000 genomów gruźlicy i 800 genomów enterowirusów. Baza początkowo powstała dla światowej wymiany danych na temat grypy, aby wcześnie wyłapać pojawienie się nowej mutacji.

Jak wspominałem, próbkę pobrano od pierwszego chorego, 66-letniego mężczyzny z Zielonej Góry, który wrócił z Niemiec. Ponieważ źródeł zarażeń było w naszym kraju wiele, jego odmiana wirusa słabo odzwierciedla ogół sytuacji. Mieliśmy przecież infekcje pochodzące z Niemiec, Włoch i USA. Przydałoby się wyizolować genom od kogoś z którejś z największych grup powiązanych zarażeń, na przykład z grupy zachorowań w okolicy Grójca, gdzie ogniskami zarażeń stały się szpitale w Grójcu i Nowym Mieście a źródło zarażeń nie jest znane.
Popatrzmy mimo to, co dają nam zamieszone informacje.

Genom z próbki jest oczywiście powiązany z rozgałęzieniem filogenetycznym próbek z Niemiec. Najwyższe podobieństwo wykazuje próbka pobrana 25 lutego w regionie Nadrenia Północna-Westfalia. Pasuje to do informacji, że pacjent przebywał na impresie karnawałowej w tym rejonie. Bliskie podobieństwa wykazuje jeszcze kilka próbek z tego regionu i próbki z Holandii, a najbliższą gałązką w kladzie jest ta, z której pochodzi pierwsze zachorowanie w Brazylii i trzy zachorowania w Walii.
Patrząc dalej po historii, grupa tych pokrewnych genomów wywodzi się od odgałęzienia w którym znalazły się genomy izolowane w Szanghaju na początku lutego, w Hangzhou w chińskiej prowincji Zhejiang około 22 stycznia.
Próbką izolowaną najwcześniej z całej tej grupy była ta z Tajlandii, z Nothaburi 13 stycznia, była to turystka która wcześniej przebywała w Wuhan. Był to drugi w ogóle odnotowany przypadek w Tajlandii.
Natomiast ta grupa zachorowań nie ma filogenetycznego związku z zachorowaniami we Włoszech. Wychodzi na to, że Niemcy nie dość, że przegapili chorych wracających z Włoch to jeszcze dużo wcześniej przegapili chorych Azjatów z Chin lub Japonii.

Inną informacją jaką można wysnuć z tych danych jest stopień zmutowania wirusa.
W danych udostępnionych przez GISAID zmienność jest opisywana przez parametr dywergencji (zróżnicowania), czyli w uproszczeniu liczbę charakterystycznych mutacji oddzielających daną grupę od reszty genomów. Dla polskiej próbki nie jest ona wysoka i wynosi około 3. Najwyższą odmienność od reszty przypadków wykazują dwie próbki z Belgii mające Div=14 i 13, nieco mniejszą trzecia próbka z Belgii i jedna z USA.
https://www.gisaid.org/epiflu-applications/nextflu-app/

#koronawirus #koronawirusfakty #genetyka #nauka

[KubaGrom]

Podział genomów wedle ilości mutacji:

[KubaGrom]

Wołam pytających o to z poprzednich wpisów.
@BeautifulLiar @Inominews @DestroDevil @metylomorfina @szad7 @komw @Hohaj @pasztetztrupa @Bratek @akumu @lubie_jablka @kiedysBedeNormalny @Wolvi666 @royal_princess @maniac777 @Jutuberiano @papaj9000 @piotras-kbw @szczwany_wij @pharmaki @Fokus @perceptives @UrbinatoR @jacomelli @linijkana20cm @dobrzecisiewydaje @ranunculus

[Czarny_Klakier]

@KubaGrom czy te mutacje wpływają jakoś na znalezienie szczepionki?

[maniac777]

@Czarny_Klakier: Wg tego co słyszałem na briefingach WHO ze dwa tygodnie temu: Ten wirus jest dosyć stabilny. Drobne mutacje zawsze się pojawiają. Te mutacje nie zmieniają w zauważalny sposób działania ani sposobu wykrywania przez organizm wirusa.

[KubaGrom]

@Czarny_Klakier: @maniac777:
Nie mają charakteru przesunięcia antygenowego jak przy grypie A, więc niekoniecznie. Dużo oczywiście zależy od tego na jakie konkretnie elementy budowy wirusa wyczula się organizm nabierając odporności. Białko S, które podczepia się do komórek, ma ograniczone możliwości zmian. Duża różnica może spowodować, że wprawdzie układ odpornościowy przestanie je rozpoznawać, ale też zacznie słabiej pasować do ludzkich komórek co osłabi zakaźność.

[murdoc]

@KubaGrom: czy to znaczy, że w Polsce zareagowaliśmy szybko? Jak laik ma interpretować ostatni akapit?

[would_an_idiot_do_that]

@murdoc: Z mojej podstawowej znajomości bioinformatyki, chodzi o to że genom wirusa u pierwszego polskiego pacjenta jest bardzo podobny do „wersji chińskiej” a z kolei te z Belgii/USA w momencie dotarcia w te regiony zdążyły już zmutować więcej razy niż ten od naszego „pacjenta zero” i już bardziej się różnią od chińskiego prekursora. Ale jak ktoś się bardziej zna to poprawcie :)

[trzeci]

@KubaGrom: on nie jest z Zielonej Góry, a z Cybinki (òóˇ) w Zielonej był leczony

[KubaGrom]

@murdoc: @would_an_idiot_do_that: Często w dyskusjach widziałem wątek "czy wirus już zaczął mutować?" włącznie z przypuszczeniami, że u nas pojawiła się jakaś całkiem nowa wersja, bo umarł ktoś młody. Tymczasem akurat z dostępnych danych wynika, że przynajmniej u zarażonych na tym pechowym karnawale występuje wersja, która przeszła mało zmian genetycznych i nie jest wyjątkowa, bo identyczny zestaw występuje wśród chorych w Westfalii.
Drobne zmiany genetyczne wirusów następują cały czas, ale ten

[murdoc]

@KubaGrom: dzieki! Czy mógłbym prosić o doprecyzowanie odpowiedzi do mojego pytania?

[KubaGrom]

@murdoc: Akurat po tym trudno ocenić czy zareagowaliśmy szybko. Pierwsze polskie wykrycie miało miejsce po około jednym średnim okresie inkubacji od pojawienia się pierwszych niemieckich zachorowań z tym szczepem, więc tutaj nie było jakiegoś szczególnego opóźnienia.
Dodałem te informacje bo widziałem już krążące przypuszczenia, że u nas chyba krąży jakiś bardzo odmienny szczep, a tymczasem nie jest to odmiana wirusa nienotowana w innych krajach i akurat nie jest jakoś mocno odmienna

[kemcio]

@murdoc: Albo, że jesteśmy zadu...m, gdzie nie przewija się 100000 osób dziennie z innych krajów, tylko kilku sezonowców z landów.

[murdoc]

@KubaGrom: dziękuję :)