[bioslawek]

Jak dalece zgodne z rzeczywistością biologiczną są animacje filmowe odwzorowujące procesy molekulerne?

Odpowiedź jest prosta: niektóre ogólnie przedstawiają jak coś działa, a o szczegółach można sobie poczytać w artykułach naukowych i podręcznikach akademickich, gdzie wszystko jest rozebrane na elementy pierwsze. W nich są zamieszczone wszystkie modele białkowe gdzie domena po domienie wyjaśniono jaką spełniają funkcję i jakie mają możliwości biochemiczne i dlaczego. Np. w takim jak w tym. Jest uznany za jeden z najlepszych na świecie: https://docer.pl/doc/n0e0x5v

„Stryer - Biochemia wydanie 4”

Można sobie pobrać i się uczyć, jak ktoś ma chęć. Z swojej strony serdecznie zachęcam - co czynię od 20 lat.

Istnieją też internetowe bazy danych, gdzie opublikowano sekwencje tysięcy genów i sekwencje białek, które powstają na ich bazie: https://repin.pjwstk.edu.pl/xmlui/bitstream/handle/186319/188/Bioinformatyczne_bazy_danych.pdf?sequence=3 TUTAJ jest artykuł do którego przyłożył rękę Szanowny członek naszej grupy profesor Stanisław Mariusz Karpiński, biolog który często poprawia po najlepszych na świecie!: http://www.pfb.info.pl/files/kwartalnik/4_2010/03.%20slesak.pdf
Na facebooku można znaleźć wiele odnośników do stron, czy czasopism naukowych, gdzie analizuje się funkcje białek– opisując pierwszo, drugo i trzecirzędową strukturę oraz prezentuje modele przestrzenne. Każdemu informacje o tym mogą się systematycznie pojawiać na stronie glównej, wystarczy polubić taką stronę: https://www.facebook.com/search/str/biochemy+protein+structure/keywords_search

Wracając do filmów obrazujących procesy biologiczne, to mają one różny poziom jeżeli chodzi o stopień szczegółowego objaśniania jakichś procesów molekularnych, ale żadnego nie można traktować jak komiksu. Jest to nieoceniona pomoc dla studentów, którzy nie muszą już wkuwać na pamięć pewnych opisów, tylko wszystko mają podane na talerzu w przystępny sposób. Z resztą nie tylko oni, ale każdy jeden człowiek, który chce poznawać inteligentny projekt na tym poziomie biologicznym i za to powinniśmy być naukowcom z czołowych Uniwersytetów niezmiernie wdzięczni! Twierdzenie, że są to modele o małej wartości, niewiarygodne tylko dlatego, że na ich podstawie nie można zrozumieć każdego szczegółu, jest jak zapewnianie, że nie można zanucić lub zatańczyć przy każdej piosence tylko dlatego, że nie zna się wszystkich nut i słów śpiewanych w obcym języku :)

O jakie poziomy szczegółowości chodzi? Obserwowałeś/obserwowałaś kiedyś sieć pająka? Czy musisz znać wszystkie molekularne i biochemiczne szczegóły, żeby poznać jej budowę i funkcje i dojść do wniosku, że została pomysłowo zaprojektowana? Czy można powiedzieć że wszystkie modele sieci narysowane przez naukowców to komiksowe bajeczki, które nic nie wnoszą do naszej wiedzy? Oczywiście każdy student zoologii może uzupełnić swoją wiedzę o bardziej szczegółowe informacje dotyczące powstawania sieci pajęczych, ponieważ na ten temat opublikowano wiele artykułów i dalej się je publikuje:https://pub.epsilon.slu.se/13664/1/andersson_m_160915.pdf Jeżeli komuś nie chce się przedzierać przez zawiły żargon środowiskowy fachowców od zajmujących się pająkami, to wystarczy zajrzeć do wikipedii w celu poszerzenia wiedzy na temat anatomii pajaka i funkcji aparatu do produkcji sieci: https://pl.wikipedia.org/wiki/Paj%C4%85ki

Dokładnie na tych samych zasadach poznajemy istotę działania systemów molekularnych na animacjach komputerowych. Do zrozumienia pracy silnika elektrycznego nie potrzeba szczegółowej wiedzy dotyczacej zasad elektryczności, wzorów chemicznych pierwiastków z jakich się składa i tak dalej. Każdy człowiek, nawet dziecko, może zrozumieć jak taki silnik jest zbudowany i jak działa. Po kilku dniach jest w stanie nazwać wszystkie części i zrozumieć, że jak się jakąś usunie, to silnik nie będzie pełniuł swojej funkcji.

Dokładnie taka sama zasada dotyczy silników biologicznych. Jak dotąd odkryto dwa: syntazę ATP i wić bakteryjną: https://bioslawek.wordpress.com/2015/12/28/krytyki-hipotezy-kooptacji-w-ewolucji-silnika-bakteryjnego-oraz-hipotezy-modularnej-w-ewolucji-syntazy-atp-pdf/

Silniki molekularne nie są napędzane prądem elektrycznym , ale o dziwo mechanizm ich napędu jest o wiele mniej skomplikowany niż ten w silnikach stworzonych przez ludzi i nawet dziecko może pojąć jak to działa. Bardzo podobie do młyna wodnego napędzanego strumieniem wody, który obraza turbinę łopatkową. Z tą różnicą, że silniki biologiczne nie są napędzane strumieniem wody, tylko jonów. Na poziomie biochemicznym wygląda to tak: https://media.giphy.com/media/12Zw6S7EN6vwju/giphy.gif Ale można to przedstawić w bardziej przystępny sposób: http://gifimage.net/wp-content/uploads/2017/09/atp-synthase-gif-9.gif Można to wytłumaczyć laikowi w jeszcze bardziej przystepny sposób a mimo to, kiedy pójdzie do służby to postawi do konta każdego profesora biologii zadając pytanie o możliwe drogi ewolucji tej maszyny. Jeszcze się nie narodził człowiek któryby stworzył wiarygodny scenariusz ewolucji silników biologicznych: https://bioslawek.files.wordpress.com/2011/09/mc582yn-wodny-dyskusja-z-mareckim.png?w=637&h=399&h=399 Mało tego. Można jeszcze w bardziej przyjazny sposób tłumaczyć ludziom jak działają silniki molekularne i pozostawać w zgodzie z naukowym stanem wiedzy w tej dziedzinie: https://bioslawek.files.wordpress.com/2014/12/zrzut-ekranu-z-2014-12-28-115603.png?w=679&h=593 TUTAJ jest moja samoróba sprzed kilku lat. Chociaż nie sięga wyżyn ideału, to każdy fachowiec jak i laik na podstawie tego obrazka zrozumie, że wszystkie części silnika biologicznego syntazy ATP muszą być zgrane i od początku dopasowane: https://bioslawek.files.wordpress.com/2011/09/777-pompa-rozchwiana-i-dopasowana-a-mareckim-2.png?w=560&h=370&h=370

Jeżeli ktoś chce wiedzieć więcej na temat struktury biochemicznej syntazy ATP, to nic nie stoi na przeszkodzie. Nawet w polskim języku opublikowano artykuły na ten temat, a w podręczniku do biochemii na jaki dałem namiar na początku niniejszego artykułu, wszystko jest rozebrane na elementy pierwsze i dokłanie opisane!: http://eprints.ibb.waw.pl/374/

Wracając jeszcze do filmów obrazujących procesy molekularne, to one również charakteryzują się różnym stopniem opisywania funkcji systemów biochemicznych. Kolejny raz pokażę to na przykładzie syntazy ATP:

1. Animacha niej szczegółowa, ale za to bardzo zrozumiała:

https://www.youtube.com/watch?v=K5vO3O9HJx4

2. Tutaj wyjaśniono już więcej szczegółów (polski lektor):

https://www.youtube.com/watch?v=dEv-9yewQ8U&t=5s

2. Autorzy tego filmu jeszcze bardziej wninkęli w szczegóły. Jednak to samo można zaprezentować w bardziej zrozumiały dla każdego sposób:

a)

https://www.youtube.com/watch?v=BmdbyDv8eaI

b)

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/62/ATPsyn.gif

https://bioslawek.files.wordpress.com/2012/02/66666666666666.png?w=627&h=435

Zasada ta dotyczy wszystkich procesów molekularnych, które są prezentowane na zrozumiałych animacjach. Jedne są bardziej szczegółowe, inne mniej ale wszystkie są bawrdzo wartościowe pod względem możliwości poznawania i rozuminia biologii molekularnej i umiejetności dostrzegania w niej inteligentnego projektu. Uczeni nie wiedzą jeszcze wszystkiego i nasza wiedza jest systematycznie uzupełniania, o czym świadczą dziesiatki artykułów jakie się ukazują każdego miesiąca na ten temat w uznanych czasopismach. Żaden biolog nie musi wiedzieć wszystkiego o biologii, ponieważ każdy jest fachowcem w swojej dziedzinie. Jeden od genów, inny od białek a jeszcze inny od biedronek. Jednak każdy na pierwszych latach studiów poznawał podstawy, które i ty możesz zdobyć ogladając animacje procesów biologicznych prezentowane na ruchomych obrazach.

Biogeneza (montaż) pilusa. To takie rurki przez które bakterie wymieniają swój materiał genetyczny:

https://www.youtube.com/watch?v=ly12vAUYcAU

Tutaj inny typ aparatu wydzielniczego (systemy sekrecji [wydzielania] typu 4) i jego biogeneza. Dzięki takim maszom bakterie są w stanie infekować komórki ludzi i zwierząt:

https://www.youtube.com/watch?v=ihlFqOK5cZM

Na tej animacji pokazano to samo, tylko prościej:

https://www.youtube.com/watch?v=iHEYbFiWaII

Łańcuch transportu elektronów:

https://www.mrdubuque.com/uploads/2/4/5/0/24509062/twnglpy_orig.gif

https://www.wykop.pl/wpis/29314317/lancuch-transportu-elektronow-i-synteza-atp-lancuc/

https://www.wykop.pl/wpis/29314443/lancuch-transportu-elektronow-i-synteza-atp-lancuc/

Replikacja DNA (polski lektor):

https://www.youtube.com/watch?v=pgLEnjkNNlA

https://www.youtube.com/watch?v=zrOS1TEIlpI

https://www.wykop.pl/cdn/c3201142/comment_6bDIORSNG8FaJx01lSZpD7Yqjq5DR3Ii.gif

https://media.giphy.com/media/wJeJirzvQTLi0/giphy.gif

Animaacje w bardziej i mniej szczegółowy pokazujące pracę maszyny molekularnej helikazy, która rozplata podwójną helise podczas replikacji:

https://www.youtube.com/watch?v=YzNuLsqMqyE

https://www.youtube.com/watch?v=h9OZL0jOmTU&t=38s

Bardzo uproszczony, ale wymowny model kompleksu replikacyjnego DNA pochodzący z jednej z broszur wydanych przez Świadków Jehowy:

https://bioslawek.files.wordpress.com/2014/11/zrzut-ekranu-z-2014-11-01-113304.png?w=704&h=585

Źródło tego wpisu:
https://www.facebook.com/groups/1492288274432368/permalink/2114589428868913/

Zobacz też:

Jaka jest istota teorii inteligentnego projektu w przyrodzie?

https://bioslawek.wordpress.com/2014/12/13/jaka-jest-istota-teorii-inteligentnego-projektu-w-przyrodzie/

Maszyny molekularne:

https://www.wykop.pl/wpis/35172403/jaki-status-ra-rynku-koncepcji-naukowych-ma-teoria/

"Współcześnie określenie maszyna molekularna już nikogo nie dziwi. Język taki już na stałe stał się elementem żargonu naukowego biologów. Uczeni coraz lepiej pojmują istotę mechanizmów biochemicznych i zauważają w nich wyraźną analogię do zaawansowanych technicznie wytworów człowieka. Nazewnictwo to skutecznie wypiera takie mylące określenia, jak cząsteczki biologiczne, których coraz rzadziej używa się w literaturze naukowej i podręcznikach akademickich, w celu określania złożonych kompleksów biologicznych. Współcześni uczeni nie postrzegają żywej komórki, jak to robił Karol Darwin: jako prostej kulki żelowej. W wyniku przeprowadzonych w ciągu ostatnich 20 lat wnikliwych badań biolodzy zaczęli traktować żywe komórki jak dobrze zorganizowane fabryki lub całe aglomeracje miejskie, naszpikowane rożnorodnymi, zmyślnie zaprojektowanymi maszynami molekularnymi, które są nieredukowalnie złożone - nie mogły stopniowo wyewoluować poprzez dodawnia kolejnych części, ponieważ mogą spełniać swoją funkcję jedynie jako struktury kompletne. Maszyny te mają wszystkie cechy umyśnie zaprojektowanych, zaawansowanych technicznie urządzeń! (....)"

#nauka #biologia #symulacje #ciekawostki #edukacja