Wpis z mikrobloga

Konserwatywne białka to takie, które z założenia dobór naturalny wyszlifował do takiej postaci, że nie tolerują żadnych zmian. Mutacje w genach kodujących białka konserwatywne mogą być tylko neutralne, w różnym stopniu u różnych białek, albo letalne. Czyli takie, które prowadzą do śmierci komórek. Oczywiście można przyjąć, że są one konserwatywne jedynie dlatego, bo się nie zmieniają z pokoleń na pokolenia od milionów lat. Żaden darwinista nie potrafi wyjaśnić, jak współczesne białka odporne na ewolucję adaptacyjną wyewoluowały w przeszłości! Oto przykład:

„Histony tworzą fizyczne oparcie dla chromosomów w procesie ich kondensacji w chromatynę oraz w ciągu skomplikowanych procesów prowadzących do crossing over oraz podziałów komórki. Postać histonu H4 o własnościach zakłócających przebieg crossing over, lub doprowadzających do rozerwania chromosomów podczas podziału komórki byłaby rzecz jasna letalna [śmiertelna], tak jak letalne byłyby wadliwe cząsteczki tRNA.

Można więc wiarogodnie objaśnić obserwowaną strukturę histonu H4. Jeśliby to białko nie było dokładnie odtwarzane, to komórki nie dzieliłyby się prawidłowo, przez co nic w żywym organizmie nie działało by tak, jak powinno. W obliczu takiej sytuacji darwiniści wycofują się na stanowisko, którego nie sposób poddać sprawdzeniu!

W osobliwy sposób przekonują, jakoby histon H4 ewoluował krok po kroku nie więcej niż o jedną zmianę pary zasad w każdym kroku. Na zarzut, że stopniowa ewolucja jest niemożliwa, bo struktura histonu H4 to przypadek typu „wszystko lub nic” odpowiadają że jest może tak dziś, ale kiedyś było inaczej.

Utrzymują, że na wczesnym etapie histon H4 ewoluował stopniowo, a takie twierdzenie mieści się w dziedzinie zjawisk niepoznawalnych i niesprawdzalnych.”

Fred Hoyle, „Matematyka ewolucji”,strony 131-132

Niektóre systemy złożone z tych samych białek konserwatywnych u różnych gatunków mogą łączyć się z innymi białkami i tym samym pełnić różne funkcje. Przekierowanie to wymaga odpowiedniego pomostu złożonego z odpowiednich białek. Pomost taki jest nieredukowalnie złożony. Usunięcie istotnych elementów pozbawia funkcji cały system. Poza tym białka konserwatywne muszą mieć odpowiednie domeny komplementarne, żeby móc się połączyć z białkami tworzącymi ten pomost. Więcej jest na ten temat tu: https://tiny.pl/dwpz7

Zatem podobieństwa w biologii molekularnej pomiędzy różnymi gatunkami organizmów żywych nie dowodzą pokrewieństw filogenetycznych. Wyjaśnienia i opisania na gruncie biologii ewolucyjnej domaga się nie tylko istnienie wspólnych wielu gatunkom białek konserwatywnych. Ale też dużych różnic na przykład pomiędzy różnymi gatunkami bakterii i archeonów. Jak i między bakteriami i archeonami oraz pomiędzy tymi dwoma domenami i eukariotami. I pomiędzy różnymi gatunkami eukariotów.

Gdyby współczesne organizmy żywe pochodziły od LUCA, organizmu rzekomo przypominającego współczesne bakterie, to należałoby się spodziewać, że ten fakt odzwierciedli się w ich budowie.

https://m.salon24.pl/55a757f85659d3e346531975aba64c81,860,0,0,0.jpg

Że biolodzy będą to obserwowali, lub rekonstruowali tworząc szczegółowe modele teoretyczne przebiegu filogenezy współcześnie żyjących organizmów. Jak wyżej wyjaśniłem nic takiego nie ma miejsca. Darwiniści wskazują tylko na omawiane tu białka konserwatywne zakładając homologie białek i ortologie kodujących je genów. Podobieństwa w biologii, często łudzące, nie muszą dowodzić pokrewieństw: https://tiny.pl/dwpzr

Przykładowo. Jeżli bakterie i archeony pochodzą od LUCA, to dlaczego helikazy DNA u tych gatunków są niehomologiczne? W takich przypadkach mówimy, że są analogiczne. Biolodzy ewolucyjni na podstawie samych podobieństw nie mogą już zakładać, że bakterie i archeony odziedziczyły helikazę DNA od wspólnego przodka. Zakładają, że helikazy DNA u bakterii i archeonów wyewoluowały niezależnie. Oczywiście nie opisują szczegółowo, jak wyewoluowały helikazy u bakterii i archeonów. „[….] W tym artykule dokonujemy przeglądu ostatnich badań tych dwóch grup heksamerycznych helikaz i nieoczekiwanych różnic, które również ujawniły analizy porównawcze.”: https://tiny.pl/dwpz9

Biolodzy używają mylącego języka, który wprowadza w błąd laików. Na przykład twierdzą, że archeony przypominają eukarioty bo jedne, jak i drugie posiadają białka histonowe połączone z DNA - chromatynę. Nie jest to jednak podobieństwo wynikające z powiązań filogenetycznych, bo inne białka tworzą histony u archeonów a inne u eukariotów. Inna jest też struktura chromatyny u obu domen. Archeony owijają swoje DNA (żółty kolor) wokół białek zwanych histonami (kolor czerwony). Owinięta struktura wykazuje pewne, powierzchowne podobieństwo do eukariotycznego nukleosomu: https://tiny.pl/dwpzw

U eukariotów w tworzeniu chromatyny bierze udział 5 histonów, które tworzą Oktamer histonowy – białkowy rdzeń, na który nawinięta jest helisa DNA u eukariontów. Zbudowany jest z histonów H2A, H2B, H3 oraz H4. Wraz z nawiniętym 146-nukleotydowym odcinkiem DNA.

https://youtu.be/gbSIBhFwQ4s

Natomiast DNA archeonów jest nawiniete ne jedno białko histonowe, tworzące odpowiednią szpulkę. Strukturę taką określamy superheliksem. Przypomina ona puszki do napojów poustawiane jedna na drugiej: https://youtu.be/gbSIBhFwQ4s

Zatem jedyne małe podobieństwo w tym przypadku to funkcje chromatyn u eukariotów i archeonów. Można to porównań do dwóch rodzajów pułapek na myszy. Ze zwykłą z mechanizmem zapatkowym. I z taką, u której zamiast tego mechanizmu do deseczki przytwierdzony jest lep na myszy. O podobieństwach w funkcji można tu mówić, ale nikt nie będzie twierdził, że sam lep mógł być prekursorem ewolucyjnym mechanizmu zapadkowego. Gdyby lep został przytwierdzony do deseczki identycznymi skoblami, jakich się używa do budowy mechanizmu zapadkowego, to mimo to nikt by nie mógł twierdzić, że różnice między pułapkami na myszy z lepem i mechanizmem zapadkowym się zacierają.

Innym przykładem jest olbrzymia bakteria thiomargarita magnifica: https://tiny.pl/dwnkp
Autorzy tekstu źródłowego napisali, że błoniaste struktury opłaszczające elementy komórkowe, odpowiedzialne za metabolizm i replikację DNA oraz transkrypcję i translację, przypominają organelle u eukariotów. W jednej z pogadanek na ten temat autor stwierdził, że odkrycie tej bakterii zaciera różnice między prokariotami i eukariotami. Porównał organellę, która u bakterii thiomargarita magnifica to opłaszczone błoną DNA i rybosomy do jądra komórkowego u eukariotów. Podobnie, jak u eukariotów u bakterii thiomargarita magnifica replikacja DNA, transkrypcja i translacja zachodzą w odizolowanym błoną środowisku komórkowym. Z tą różnicą, że w komórce eukariotycznej rybosomy znajdują się w małej ilości w jąderku a przytłaczająca większość poza jądrem komórkowym w retikulum endoplazmatycznym. Między innymi z tego powodu, że u prokariotów transkrypcja jest sprzężona z translacją a u eukariotów mRNA przy udziale wielu skomplikowanych procesów transportowane jest z jądra do RE.

U prokariotów:

https://youtu.be/h0TWyWsV8Xw

U eukariotów:

https://youtu.be/qzV9LrIEiPs

https://youtu.be/1pJk_pQm1tg

Podobieństwa są powierzchowne: jak pomiędzy pułapką na lep i pułapką z mechanizmem zapadkowym. To samo dotyczy pierścienia Z (pierścienia podziałowego). Białka, które tworzą tą strukturę kurczą się w wyniku hydrolizy ATP i pierścień pomaga w kompletnym oddzieleniu się potomnych bakterii od siebie. Thiomargarita magnifica rozmnaża się inaczej. Pierścienie Z tylko do jakiegoś stopnia tworzą przewężenia na wydłużającej się rurkowatej strukturze bakterii. W procesie tym wykorzystywane są konserwatywne białka tworzące pierścień Z oraz współpracujące z nimi, tworzące przewężenie, białka cytoszkieletu thiomargarita magnifica.

Konserwatywne białka obecne u innych gatunków bakterii tworzą u thiomargarita magnifica inny system niż u innych gatunków bakterii. Białka tworzące pierścień Z u thiomargarita magnifica muszą posiadać odpowiednie komplementarne domeny łączące je z grupą białek obecnych tylko u tej bakterii i tworzących odpowiedni pomost. Dwa magnezy mogą się przyciągać lub odpychać. Gdyby u różnych gatunków możnaby było zrekonstruować ich filogenezę, to by się przyciągały zachowując obserwowaną ciągłość filogenetyczną. Pasowałyby do siebie jak puzle. Jest na odwrót. Różnice miedzy różnymi domenami życia odpychają je od siebie. Zwrócił na ten fakt uwagę wybitny biolog Craig Venter. Na filmie można posłuchać, co ma do powiedzenia na temat tak zwanego drzewa Darwina:

https://youtu.be/4ZdcKJVCf6c

Jako znany biolog komórkowy, biotechnolog i badacz stwierdził, że drzewo Darwina jest sztucznym tworem minionych czasów bez odzwierciedlenia w biologii.

Na filmie Craig Venter w dyskusji z Richardem Dawkinsem o powiązaniach filogenetycznych przytoczył przykład bakterii: Mycoplasma genitalium: https://tiny.pl/dwn2b

Jest to nietypowa bakteria pozbawiona ściany komórkowej, która odpowiedzialna jest za infekcje układu moczowo-płciowego u obu płci. Stwierdził, żemycoplasmy posiadają tylko sobie właściwe geny mimo, że zawierają takie samo DNA, jak inne organizmy. Następnie, że mimo identycznego DNA ze względu na te geny pozycja tej bakterii na drzewie filogenetycznym jest nieznana. Na przykład podobieństwa różnych gatunków bakterii polegają na tym, że są zdolne do generowania ruchu. Jednak różne są struktury, kodowane przez inne zestawy genów, które umożliwiają im ruch. Mycoplaźmie: https://tiny.pl/dwpzc bakterii E. coli: https://tiny.pl/dwpwd Krętka: https://tiny.pl/dwpwd

#nauka #biologia #heheszki #ewolucja
Slawomir-Pietrucin - Konserwatywne białka to takie, które z założenia dobór naturalny...

źródło: 55a757f85659d3e346531975aba64c81,860,0,0,0

Pobierz
Slawomir-Pietrucin - Konserwatywne białka to takie, które z założenia dobór naturalny...
  • 8
  • Odpowiedz
A słyszałeś o DNA nie kodującym? W takim DNA zachodzą też mutacje. Więc to mhło powstać w ramach niekodujacego i potem przełączenie na aktywne. Większość DNA jest śmieciowe albo nieużywane.
  • Odpowiedz
@Slawomir-Pietrucin: jak nie, jak tak, GPT4: Tekst ten prezentuje kilka często występujących nieporozumień oraz błędnych założeń dotyczących procesu ewolucji, w szczególności w kontekście białek konserwatywnych, jakimi są histony, w tym histon H4.

Stabilność białek konserwatywnych: Fakt, że niektóre białka, takie jak histony, są wysoce konserwatywne (tj. zmieniają się bardzo wolno w czasie ewolucyjnym) nie oznacza, że ewolucja tych białek jest "niemożliwa" czy "nieobjaśniona". Wysoka konserwatywność wynika z ich kluczowej roli w
  • Odpowiedz
@Slawomir-Pietrucin: w tym tekście na salon jest ciekawa manipulacja. O tym nieprzypadkowych mutacjach. Mutacje są przypadkowe, ale może być różne prawdopodobieństwo. Nieprzypadkowość to jakieś założenie celowości, a czegoś takiego nie ma. Przez setki milionów lat powstały czynniki ograniczające mutacje. W tym te najbardziej szkodliwe. Osobniki, które chroniły swój kod lepiej miały większe szanse na przeżycie i przekazanie genów.
A to, że nie wiemy wszystkiego to normalne. Ale cały czas trwają badania.
  • Odpowiedz
@Obruni: Mowę zakładasz na medal, ale twój wpis nie stanowi odpowiedzi na moje argumenty. Nie daje też odpowiedzi na pytanie podstawowe: jak konkretnie wyewoluowały białka konserwatywne?

Przeczytałeś początek mojego tekstu, gdzie napisałem o białkach konserwatywnych, następnie skopiowałeś skądś tekst, który zamieściłeś jako komentarz. Przykład pierwszy z brzegu: napisałem o subtelnych zmianach, nutacja po mutacji, a nie o „skokach ewolucji”. Poza tym przebieg ewolucji białek, to jedna z największych tajemnic w biogii
  • Odpowiedz
@Rasteris: Żadna manipulacja - doczytaj. Istnieją mutacje nielosowe w gorących miejscach mutacyjnych i losowe.Gorące miejsca mutacyjne, to takie, w których mutacje zachodzą częściej niż w innych. Efekt może być indukowany czynnikami środowiskowymi. W przypadku mechanizmów w ramach normy reakcji na środowisko proces jest kontrolowany i ograniczany do konkretnych sekwencji w genomie. U koronawirusa SARS-CoV-2:

https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-020-02344-6

„Mutacje, które się pojawiają w gorących miejscach (punktach) mutacyjnych u wirusa SARS-CoV-2 obejmują nowy wariant polimerazy
  • Odpowiedz