[youmimicanski]

Ciekawostka:
Prawie 9 lat temu potrzebowałem policzyć moment dipolowy 1,2,4-triazolu do doktoratu. Zrobiłem to na serwerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego. Zrobiło to za mnie 8 procesorów i 14 GB pamięci RAM w czasie około 4 minut. To był wtedy kosmos. Na swoim ówczesnym bieda-komputerze szłoby mi to kilka dni (może godzin). Dzisiaj, po prawie 9 latach z ciekawości puściłem to obliczenie na swoim i7 10700k. 8 rdzeni, 16 wątków, 5.0 GHz każdy. Do tego 16 GB pamięci RAM 3866 MHz CL 16. Czas potrzebny do wykonania tych samych obliczeń: 38 sekund. Mam w domu centrum sieciowo-superkomputerowe XD.
trochę #pcmasterrace
trochę #chemia
trochę #nauka
trochę #ciekawostki

[Salicylina]

@youmimicanski: :( chciałbym umieć w chemie...

[youmimicanski]

@Salicylina: ja też. Po tylu latach niewiele pamiętam. Właśnie puszczam coś, co liczyło mi się tam 38 minut i za cholerę nie pamiętam co ja chciałem wtedy policzyć.

[Salicylina]

@youmimicanski: robiłeś doktorat i niewiele pamiętasz?? to po co ci chemia była...

[youmimicanski]

@Salicylina: Pracuję od 8 lat w zawodzie i na co dzień liczę rzeczy na poziomie liceum. Serio w większości miejsc nie trzeba umieć więcej. Już nie pamiętam detali na poziomie doktoratu. Na poziomie doktoratu rozchodzi się właśnie o detale. Z biegiem lat tego zapominasz. Zwłaszcza jak pracodawca wymaga od ciebie dużo, szybko i tanio.

[neo_1995]

@youmimicanski: Ja wykonuję obliczenia kwantowomechaniczne do doktoratu i ostatnio energię dla jednego związku liczyłem 40h :P Ryzen 3600 + 16gb ramu.

edit: Jaki soft?

[youmimicanski]

@neo_1995: gaussian03, ale fachowcem to nie jestem w kwantach. Potrzebowałem tylko tego momentu dipolowego i dla sprotonowanego jonu. Kolegów popytałem jak to policzyć, napisałem grant o czas na wcss i więcej z tego nie korzystałem.

[neo_1995]

@youmimicanski: Polecam spartan jakbyś potrzebował coś policzyć :)

[youmimicanski]

robiłeś doktorat i niewiele pamiętasz??

@Salicylina: wsiadłeś mi na ambicje. To co liczyłem 38 minut na WCSS, teraz policzyłem w domu w 15 i był to właśnie sprotonowany 1,2,4-triazol z uwzględnieniem orbitali "p" i "d". To taka ulepszona i powiększona baza do obliczeń. Uwzględnia polaryzację molekuł. Ale chemia jest tak rozległa, że ciężko jest być fachowcem w każdej dziedzinie. Nauczenie się tego i przeanalizowanie zajęło mi wtedy max 2 tygodnie. Więcej

[MarianKolasa]

@youmimicanski: tak z ciekawości, bo ja jestem buc co dodawanie robi w kalkulatorze żeby się nie pomylić - co liczy się w przypadku takiego modelu i do czego to jest potrzebne?

[neo_1995]

@youmimicanski: O jaką książkę pytasz?

[youmimicanski]

@MarianKolasa: masz bazę, która zawiera dane o atomach, elektronach, orbitalach. Tworzysz plik, który zawiera atomy, które są połączone w konkretny sposób i mają być zoptymalizowane pod kątem najmniejszej energii. Program mieli plik używając bazy i wypluwa plik wynikowy, w którym atomy okazują się być połączone niemal idealnie. Wszystkie kąty między wiązaniami, długości tych wiązań są takie, jak eksperymenty przewidują (różnice dają się wytłumaczyć bardzo racjonalnie - liczysz coś w próżni, a

[MarianKolasa]

@youmimicanski Paaanie, to trzeba na spokojnie (⌐ ͡■ ͜ʖ ͡■)

[youmimicanski]

O jaką książkę pytasz?

@neo_1995: No taki obecny McMurry chemii kwantowej. Kwanty miałem bardzo krótko na studiach.

[neo_1995]

@youmimicanski: Niestety nie polecę nic ciekawego. Ja metody obliczeniowe dobieram na podstawie danych źródłowych (publikacji). Najczęściej liczę DFT w funkcjonale B3LYP, bazy z rodziny 6-311g. Do moich potrzeb wystarczające, ja zajmuję się bardziej syntezą i projektowaniem.

[neo_1995]

@MarianKolasa: Ja przykładowo liczę energię "gołego" ligandu a potem odpowiedniego kompleksu. Na podstawie różnicy energii obliczam zysk energetyczny wynikający z kompleksowania i dzięki temu wiem jakie związki są dobrymi chelatorami w układach biologicznych.

[MarianKolasa]

@neo_1995: bym chciał jakoś zabawnie na to odpowiedzieć, ale wszystko brzmi żałośnie ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[neo_1995]

@MarianKolasa: Np takie rzeczy można policzyć. Rozkład ładunku dla anionu 3-metylo-5-fenylopirazolanowego

[youmimicanski]

3-metylo-5-fenylopirazolanowego

@neo_1995: Ciekawy wynik. Takie niuanse mnie też interesowały w moich obliczeniach, jak ten ładunek się tam rozkłada właśnie. Na kartce papieru piszesz minusa przy jednym atomie. W praktyce się okazuje, że ten elektron raz tam jest, a raz go nie ma. Ciekawe, czy z eksperymentów rentgenostrukturalnych wynikała by taka zależność? Widać by było to po oddziaływaniach międzycząsteczkowych, a może w ogóle w ciele stałym ten ładunek inaczej by się rozkładał.

[neo_1995]

@youmimicanski: Dla tego konkretnego związku to jest ciekawa sprawa bo on krystalizuje jako mieszanina tautomerów. Może tworzyć dimery, tetramery a nawet polimery:

Obrazek z mojej magisterki, mogę podrzucić źródło jeśli chcesz.

W tej chwili liczę kompleksy tiosemikarbazonowe i to trwa godzinami ;/

[youmimicanski]

@neo_1995: A masz gdzieś jakąś strukturę, gdzie anion tego związku chelatuje metal? Tam po zmianie odległości metal-azot można się domyślać asymetrii w rozkładzie gęstości elektronowej. No i zmiana długości wiązań też będzie o tym świadczyć.