[farmaceut]

Nigdy, przenigdy nie używajcie baz funkcyjnych Jensena. Sa zwyczajnie do dupy...

Mam kwas galusowy, wrzucam w dynamike molekularna, otrzymuje konformery, biore najnizszy energetycznie. I rozpoczynamy kwantowke, a wiec losowanko najlepszych kombinacji metod i baz funkcyjnych. Co sie okazuje? Bazy Pople'a, Dunninga czy tam Karlsruhe - idealnie. Łapią konwergencję (zbieznosc) w 20 cyklach na spokojnie. Niezależnie czy uwzględniają podwójne czy pojedyncze funkcje dyfuzyjne - o funkcjach polaryzacji nie mówię, bo to jasne, że muszą być na orbitalach d i p wszystkich atomow... Nawet ustawienie kryterium optymalizacji na bardzo ścisłe RMS między energiami atomów, czy też poprawienie siatki do obliczania całek dwuelektronowych na bardzo dokładną normalnie konczy obliczenia.

A bazy funkcyjne Jensena? Ło panie... Raz sie uda, a wiecej razy nie uda. Podniesiesz ilosc cykli do 200, to zwiekszysz szanse, że może dobrze trafi z macierzą hesjanów... Ale rozwiazanie z uzyciem Int=UltraFine oraz/lub Opt=VeryTight to abstrakcja. Probowalem rozne opcje przedstawienia koordynatow - czasem format xyz nie lapie i trzeba uzyc macierzy-Z albo skroconej macierzy-Z... Czy tez w ustawieniach optymalizacji wybrac, aby dokonal konwersji na uklad kartezjanski - domyslny, jesli dobrze kojarze, to biegunowy (co jest jasne bo łatwiej liczy sie wtedy funkcje falową...) - I dupa. Baza funkcyjna aug-pcseg-1 czy aug-pcseg-2, czyli dosyc proste - NIC!

Dlatego ODRADZAM uzywanie baz funkcyjnych Jensena. Musze ogarna publikacje na czym on je testowal, bo na pewno nie na zwiazkach organicznych XD

Pozdro, powodzenia w waszych obliczeniach chemiczno-teoretyczne swiry ( ͡° ͜ʖ ͡°)

Za to polecam jego ksiazeczke. Jest w pyte,

#nauka #farmacja #chemia #gruparatowaniapoziomu #farmaceutmodeluje

[92feliks]

@farmaceut: jakiego gaussiana używasz?

[farmaceut]

@92feliks: Miruś, G16

[92feliks]

z tego co kojarzę, to Int=UltraFine jest domyślnie włączone
ta grupa z kolei piszę, że jedna z Jensenowskich baz jest spoko jeżeli chodzi o wydajność/zasoby - może w środku mają jakieś szczegóły? https://chemrxiv.org/articles/The_Performance_of_Dunning_Jensen_and_Karlsruhe_Basis_Sets_on_Computing_Relative_Energies_and_Geometries/10303703/2?file=20333286
also, dzięki za książkę :D ostatnio takiej szukam

[farmaceut]

@92feliks: Int=Ultrafine jest domyślne, owszem ( ͡° ͜ʖ ͡°)
istotne jest to, że testowali dla:

buta-1,3-diene, propan-2-ol and the water dimer

xD no nieeeee

Z ksiazek polecam jeszcze:

- pomaranczowa Lewarsa
- niebieski handbook Leszczynskiego
- Computational Chemistry Davida Younga
- Essentials of computational chemistry Cramera
- Molecualr Modeling Basic Jensena (Jana, nie Franka - wedlug mnie super konkretna pozycja,jak ktos potrzebuje 'brief info', ale jesli nie

[92feliks]

@farmaceut: aww, dziękuję :D Leacha czytałem dość wcześnie, a pozostałych nawet nie wiem, bo dość wybiórczo czytam książki i nie zwracam uwagi na tytułu czy autorów ¯\_(ツ)_/¯
Dziwne, że nie skorzystali z jakichś standardowych setów benchmarkowych, bo kilka jest takich solidnie używanych, a ograniczyli się do kilku tak na prawdę bezużytecznych cząsteczek. Swoją drogą, ostatnie kilka benchmarków, które czytałem, nie zawierało baz Jensena, w ogóle. Wszyscy raczej trzymają się Duninga i

[m.....a]

@farmaceut: ZASZCZYK bys na koronawirusa zrobil, a nie konkuterem sie bawisz!

[Iperyt]

@farmaceut: Taki urok metod QM. Wynik jest mocno zależny od wyboru bazy. Powiem więcej: paaaanie jakie rozbieżności xD. Dlatego mimo, że w najbliższej przyszłości planuje podszkolić się (i może nawet samodzielnie modelować) z metod MD to uroczyście sobie obiecałem, że nie dotykam kwantówki bo mnie #!$%@? zmiecie z planszy.

[farmaceut]

@Iperyt: Lmao, ja wszedlem w kwantowke jak noz w maslo a jestem prostym farmaceutą ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[Iperyt]

@farmaceut: Nie mówię, że mnie to przerośnie czy coś. Tylko po prostu słabo wierzę w wyniki, które są otrzymywane za pomocą tej metody. Szczególnie gdy nie ma porównania z eksperymentem.

[farmaceut]

@92feliks: Leach gitóweczka. Ale standardowe sety, to znaczy? Benchmark zawsze byl zlozony z kilkudziesieciu malych molekul. Sam planuje cos innego teraz i ciekawi mnie odbior. Wieksze benchmarki sa robione pod scisle okreslone zagadnienia. Na przyklad jak są te prace Jacquemina... swoja droga dobry ziomek. Co najmniej 3 razy robil benchmark o TD-DFT xD jakby raz nie wystarczyl. Tak sie zbiera cytowania synq.
No tak, gaussian leci na Pople i Dunninga. Karlsruhe

[farmaceut]

@Iperyt: Lepsze QM niż sparametryzowane MD ( ͡° ͜ʖ ͡°)( ͡° ͜ʖ ͡°)( ͡° ͜ʖ ͡°)