Jaki program polecilibyście do dynamiki molekularnej działania pomp efflux H. pylori? Mam parę cząsteczek, chciałbym zobaczyć w jak dużym stopniu mają powinowactwo do kanału w białku transbłonowym i czy są w stanie zablokować efflux, np. poprzez odginanie aminokwasów. Muszę to odnieść do eksperymentów, więc im lepszy model tym lepiej oczywiscie. Oczywiscie woda bedzie explicit.

#gruparatowaniapoziomu #chemia #farmacja #biologia #nauka #pytanie #kicioichpyta #pytaniedoeksperta #farmaceutmodeluje

Czy mamy tutaj jakiś krystalograficznych Mireczków korzystających z Vesty? Mam strukturę zaciągniętą z CCDC i chciałbym wyeksportować koordynaty dokładnie jednej cząsteczki, w jaki sposób mogę to zrobić?

#nauka #farmacja #chemia #gruparatowaniapoziomu #farmaceutmodeluje #pytanie #kiciochpyta #pytaniedoeksperta

Mirasy z PWr używające Gaussiana. W komendzie sub-gaussian ... -m ... zadeklarowana pamięć RAM jest na procesor czy na całość?

#nauka #farmacja #chemia #pwr #farmaceutmodeluje

Szybkie, proste pytanie – czy podmianka SCF=QC na SCF=XQC rzeczywiście pozwoli uzyskać zbieżność? Parę metod daje dupy i nie wiem co zrobić... uprzedzając pytania: tak, zmieniłem geometrię, od nowa liczyłem initial guess, zmieniłem układ na kartezjański, zwiększyłem ilość cykli. NIC.

#nauka #farmacja #chemia #gruparatowaniapoziomu #farmaceutmodeluje

Pijcie ze mną kompot. Pierwsza opublikowana praca, 2 miesiące od publikacji i już jest cytowanie (｡◕‿‿◕｡)
#nauka #farmacja #chemia #chwalesie #farmaceutmodeluje

Może są tu jacyś doktoranci/profesorowie/magistranci aktywni naukowo, zainteresowani dyskusją dotyczącą poziomu polskiej nauki, ze szczególnym naciskiem na ośrodki akademickie?

Tak mnie tknęło po TYM wpisie. Powiedzcie mi, jak to u Was wygląda? Na mojej Uczelni sprawa jest dosyć prosta – publikacji jest mało, Wydział spada w rankingu i ocenie Ministerialnej, ogólnie lipa i kaszana.

Okazuje się, że ze swoimi trzema publikacjami, wraz z byłymi doktorantami mojego promotora, "ciągniemy" Katedrę na pierwsze miejscePokaż całość

#nauka #farmacja #chemia #gruparatowaniapoziomu #farmaceutmodeluje

Nigdy, przenigdy nie używajcie baz funkcyjnych Jensena. Sa zwyczajnie do dupy...

Mam kwas galusowy, wrzucam w dynamike molekularna, otrzymuje konformery, biore najnizszy energetycznie. I rozpoczynamy kwantowke, a wiec losowanko najlepszych kombinacji metod i baz funkcyjnych. Co sie okazuje? Bazy Pople'a, Dunninga czy tam Karlsruhe - idealnie. Łapią konwergencję (zbieznosc) w 20 cyklach na spokojnie. Niezależnie czy uwzględniają podwójne czy pojedyncze funkcje dyfuzyjne - o funkcjach polaryzacji nie mówię, bo to jasne, żePokaż całość