Układanka faktów w sprawie włoskiej epidemii zaczyna się układać w pewien intrygujący obrazek. W bazie danych genetycznych GISAID, której część danych jest publicznie dostępna, opublikowano już pierwsze wyniki na temat włoskich szczepów nowego koronawirusa. Najbardziej interesujące jest drzewo filogenetyczne, pokazujące pokrewieństwa między szczepami izolowanymi w różnych miejscach. Można po tym zgadywać potencjalne drogi szerzenia wirusa oraz oceniać liczbę zmian genetycznych. Im więcej rozgałęzień prowadzi po drodze do danego szczepu, tym więcej zaszło w wirusie zmian genetycznych przekazywanych późniejszym zarażonym.
W bazie pojawił się szczep Italy/CDG1/2020, wyizolowany 20 lutego od 38-letniego mężczyzny z Lombardii. Czyli bezpośrednio od przypadku indeksowego, pierwszego znanego w tej lokalnej epidemii. Jest to szczep odległy o zaledwie dwa bliskie odgałęzienia od głównego pnia, co oznacza, że z bardzo mała liczbą pośrednich nosicieli pochodzi wprost z Wuhan. Dla porównania szczepy południowokoreańskie, których jest w bazie kilka różnych, mają do pnia dwa, trzy a jeden nawet sześć odgałęzień. Nie jest chyba zaskoczeniem, że do tego samego rozwidlenia co szczep z Włoch, należą wyizolowane później szczepy z Brazylii, Finlandii, Niemiec w regionie Badenia-Witembergia i najnowszy z Meksyku. Mamy potwierdzenie, że w tych miejscach zachorowały osoby, które przybyły z Włoch. Najbardziej interesujące jest jednak to, że linia genetyczna prowadząca do włoskich i pochodnych od niej szczepów, nie jest osamotniona, lecz tuż tuż przed nią pojawiło się jedno skromne odgałęzienie.
Szczep, wykazujący filogenetycznie największe podobieństwo do pierwszej próbki z Włoch i kolejnych powiązanych z epidemią w Lombardii, ale wyizolowany już trzy tygodnie wcześniej. 28 stycznia wyizolowano go z próbki pochodzącej z Niemiec, a konkretnie z miasta Starnberg. Które akurat jest epidemiologom już dobrze znane, bo to tam nastąpiła pierwsza pozaazjatycka epidemia wśród pracowników niemieckiej firmy Webasto...
Wprawdzie wnioskowanie o przebiegu zdarzeń z podobieństw między niespełna 6 próbkami jest ryzykowne, dorzucenie do bazy nowych genomów może poprzesuwać szczepy między rozgałęzieniami, ale na razie to co mamy układa się w bardzo oczywisty wzór. Wygląda na to, że epidemia we Włoszech została zapoczątkowana przez osoby z małej epidemii niemieckiej, zaś służby zdrowotne popełniły potężną wtopę skoro nie wyłapały w porę osoby mającej kontakt ze znanymi zarażonymi, która nie niepokojona wyjechała potem do Włoch. Jeden taki przypadek już wcześniej zanotowano - znajomy chorego pracownika Webasto wyjechał na wycieczkę do Hiszpanii i tam został zdiagnozowany, na szczęście bez zarażania kogokolwiek innego. Kilka elementów wspiera te wnioski. Algorytm GISAID oszacował moment powstania wersji genetycznej wspólnej dla wszystkich przypadków (divergence date) na 17 stycznia. Chinka, która zapoczątkowała epidemię w Niemczech, 16 stycznia przyjechała do Szanghaju, aby odwiedzić rodziców, którzy wrócili z Wuhan. Wtedy zaraziła się wirusem z drobną zmianą genetyczną, która jest wspólna dla wszystkich kolejnych przypadków. Następnie w dniach 19-21 stycznia była w Niemczech na konferencji. Potem wyjechała do Chin gdzie poczuła się źle. Powstanie bliskiego rozgałęzienia z włoskim przypadkiem jest szacowane na właśnie 19 stycznia. To wtedy zaraził się od niej ktoś, kto potem pozarażał innych we Włoszech.
Nasuwa się teraz kilka pytań - czy jesteśmy w stanie znaleźć tę osobę łączącą obie epidemie? Może był to znów turysta, który pobył trochę w Lombardii, potem w Mediolanie a potem w Wenecji i to tłumaczy czemu na raz pojawiło się kilka ognisk. Niewykluczone jest jeszcze, że osoba ta zaraziła się od Chinki wcześniej, poza firmą, na przykład na lotnisku, to by tłumaczyło trudność w znalezieniu tej osoby. Bardziej istotne jest pytanie, co zrobią Włosi, gdy dowiedzą się o tym możliwym powiązaniu? Przypuszczam zresztą, że już wiedzą. Gdy wrzucili genom wirusa ze swojego przypadku do bazy, od razu musiało im pokazać to podobieństwo. Teraz więc chyba trwa dochodzenie sprawdzające, którym nie zamierzają się chwalić mediom, bo nie widziałem, aby ktoś to wyłapał.
Czyli mimo wszystko ciagle zasada szukania pacjenta zero ma sens, z tego co rozumiem, nawet jeśli to będzie "pacjent zero" dalszego szeregu jeśli można to tak ująć. Bądź mówiąc w uproszczeniu sukcesywnie i skrupulatnie wyłapywać potencjalnych nosicieli bez żadnego przymykania oka. Tylko jest to kosztowne bo gdzie granica, szczególnie jak na początku był problem z dostępnością testów ...
@rskk: Dobrze by było wiedzieć gdzie się poruszał, czy były jeszcze inne źródła zarażeń, które przeoczono, choćby i po to aby potem uważniej śledzić takie przypadki albo z większą dokładnością określić okres inkubacji. W pierwszym okresie tuż przed ujawnieniem epidemii było kilku bardzo wydajnych roznosicieli, którzy nie wzięli się znikąd, na przykład 100 zachorowań w Mediolanie ma związek z pewnym dermatologiem, który był leczony na zapalenie płuc w swoim szpitalu ale
W bazie pojawił się szczep Italy/CDG1/2020, wyizolowany 20 lutego od 38-letniego mężczyzny z Lombardii. Czyli bezpośrednio od przypadku indeksowego, pierwszego znanego w tej lokalnej epidemii. Jest to szczep odległy o zaledwie dwa bliskie odgałęzienia od głównego pnia, co oznacza, że z bardzo mała liczbą pośrednich nosicieli pochodzi wprost z Wuhan. Dla porównania szczepy południowokoreańskie, których jest w bazie kilka różnych, mają do pnia dwa, trzy a jeden nawet sześć odgałęzień.
Nie jest chyba zaskoczeniem, że do tego samego rozwidlenia co szczep z Włoch, należą wyizolowane później szczepy z Brazylii, Finlandii, Niemiec w regionie Badenia-Witembergia i najnowszy z Meksyku. Mamy potwierdzenie, że w tych miejscach zachorowały osoby, które przybyły z Włoch. Najbardziej interesujące jest jednak to, że linia genetyczna prowadząca do włoskich i pochodnych od niej szczepów, nie jest osamotniona, lecz tuż tuż przed nią pojawiło się jedno skromne odgałęzienie.
Szczep, wykazujący filogenetycznie największe podobieństwo do pierwszej próbki z Włoch i kolejnych powiązanych z epidemią w Lombardii, ale wyizolowany już trzy tygodnie wcześniej. 28 stycznia wyizolowano go z próbki pochodzącej z Niemiec, a konkretnie z miasta Starnberg. Które akurat jest epidemiologom już dobrze znane, bo to tam nastąpiła pierwsza pozaazjatycka epidemia wśród pracowników niemieckiej firmy Webasto...
Wprawdzie wnioskowanie o przebiegu zdarzeń z podobieństw między niespełna 6 próbkami jest ryzykowne, dorzucenie do bazy nowych genomów może poprzesuwać szczepy między rozgałęzieniami, ale na razie to co mamy układa się w bardzo oczywisty wzór. Wygląda na to, że epidemia we Włoszech została zapoczątkowana przez osoby z małej epidemii niemieckiej, zaś służby zdrowotne popełniły potężną wtopę skoro nie wyłapały w porę osoby mającej kontakt ze znanymi zarażonymi, która nie niepokojona wyjechała potem do Włoch. Jeden taki przypadek już wcześniej zanotowano - znajomy chorego pracownika Webasto wyjechał na wycieczkę do Hiszpanii i tam został zdiagnozowany, na szczęście bez zarażania kogokolwiek innego.
Kilka elementów wspiera te wnioski. Algorytm GISAID oszacował moment powstania wersji genetycznej wspólnej dla wszystkich przypadków (divergence date) na 17 stycznia. Chinka, która zapoczątkowała epidemię w Niemczech, 16 stycznia przyjechała do Szanghaju, aby odwiedzić rodziców, którzy wrócili z Wuhan. Wtedy zaraziła się wirusem z drobną zmianą genetyczną, która jest wspólna dla wszystkich kolejnych przypadków. Następnie w dniach 19-21 stycznia była w Niemczech na konferencji. Potem wyjechała do Chin gdzie poczuła się źle. Powstanie bliskiego rozgałęzienia z włoskim przypadkiem jest szacowane na właśnie 19 stycznia. To wtedy zaraził się od niej ktoś, kto potem pozarażał innych we Włoszech.
Nasuwa się teraz kilka pytań - czy jesteśmy w stanie znaleźć tę osobę łączącą obie epidemie? Może był to znów turysta, który pobył trochę w Lombardii, potem w Mediolanie a potem w Wenecji i to tłumaczy czemu na raz pojawiło się kilka ognisk. Niewykluczone jest jeszcze, że osoba ta zaraziła się od Chinki wcześniej, poza firmą, na przykład na lotnisku, to by tłumaczyło trudność w znalezieniu tej osoby.
Bardziej istotne jest pytanie, co zrobią Włosi, gdy dowiedzą się o tym możliwym powiązaniu? Przypuszczam zresztą, że już wiedzą. Gdy wrzucili genom wirusa ze swojego przypadku do bazy, od razu musiało im pokazać to podobieństwo. Teraz więc chyba trwa dochodzenie sprawdzające, którym nie zamierzają się chwalić mediom, bo nie widziałem, aby ktoś to wyłapał.
https://www.thelocal.de/20200128/coronavirus-case-in-germany-what-you-need-to-know
https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-sars-cov2-app/
#koronawirusfakty #medycyna #genatyka #niemcy #wlochy #chiny
źródło: comment_1583164121pXEtiHmpIqUkfAaoWUKQ4U.jpg
Pobierz@BeautifulLiar @Inominews @DestroDevil @metylomorfina @szad7 @komw @Hohaj @pasztetztrupa @Bratek @akumu @lubie_jablka @kiedysBedeNormalny @Wolvi666 @royal_princess @maniac777 @Jutuberiano
Czyli mimo wszystko ciagle zasada szukania pacjenta zero ma sens, z tego co rozumiem, nawet jeśli to będzie "pacjent zero" dalszego szeregu jeśli można to tak ująć. Bądź mówiąc w uproszczeniu sukcesywnie i skrupulatnie wyłapywać potencjalnych nosicieli bez żadnego przymykania oka. Tylko jest to kosztowne bo gdzie granica, szczególnie jak na początku był problem z dostępnością testów ...