[bioslawek]

Ciekawe ilu biotechnologów straci pracę z tego powodu, a ilu jej nie znajdzie po studiach? Tak dobrze żarło i chyba zdechło( ͡° ʖ̯ ͡°)

CRISPR gene editing can cause hundreds of unintended mutations

https://phys.org/news/2017-05-crispr-gene-hundreds-unintended-mutations.html

As CRISPR-Cas9 starts to move into clinical trials, a new study published in Nature Methods has found that the gene-editing technology can introduce hundreds of unintended mutations into the genome.

"We feel it's critical that the scientific community consider the potential hazards of all off-target mutations caused by CRISPR, including single nucleotide mutations and mutations in non-coding regions of the genome," says co-author Stephen Tsang, MD, PhD, the Laszlo T. Bito Associate Professor of Ophthalmology and associate professor of pathology and cell biology at Columbia University Medical Center and in Columbia's Institute of Genomic Medicine and the Institute of Human Nutrition.

CRISPR-Cas9 editing technology—by virtue of its speed and unprecedented precision—has been a boon for scientists trying to understand the role of genes in disease. The technique has also raised hope for more powerful gene therapies that can delete or repair flawed genes, not just add new genes.

The first clinical trial to deploy CRISPR is now underway in China, and a U.S. trial is slated to start next year. But even though CRISPR can precisely target specific stretches of DNA, it sometimes hits other parts of the genome. Most studies that search for these off-target mutations use computer algorithms to identify areas most likely to be affected and then examine those areas for deletions and insertions.

"These predictive algorithms seem to do a good job when CRISPR is performed in cells or tissues in a dish, but whole genome sequencing has not been employed to look for all off-target effects in living animals," says co-author Alexander Bassuk, MD, PhD, professor of pediatrics at the University of Iowa.

https://www.eurekalert.org/pub_releases/2017-05/cumc-cge052617.php

New York, NY (May 29, 2017) -- As CRISPR-Cas9 starts to move into clinical trials, a new study published in Nature Methods has found that the gene-editing technology can introduce hundreds of unintended mutations into the genome.

"We feel it's critical that the scientific community consider the potential hazards of all off-target mutations caused by CRISPR, including single nucleotide mutations and mutations in non-coding regions of the genome," says co-author Stephen Tsang, MD, PhD, the Laszlo T. Bito Associate Professor of Ophthalmology and associate professor of pathology and cell biology at Columbia University Medical Center and in Columbia's Institute of Genomic Medicine and the Institute of Human Nutrition.

CRISPR-Cas9 editing technology -- by virtue of its speed and unprecedented precision -- has been a boon for scientists trying to understand the role of genes in disease. The technique has also raised hope for more powerful gene therapies that can delete or repair flawed genes, not just add new genes.

http://www.nature.com/nmeth/journal/v14/n6/full/nmeth.4293.html

CRISPR–Cas9 editing shows promise for correcting disease-causing mutations. For example, in a recent study we used CRISPR-Cas9 for sight restoration in blind rd1 mice by correcting a mutation in the Pde6b gene1. However, concerns persist regarding secondary mutations in regions not targeted by the single guide RNA (sgRNA)2.…

#nauka #biologia #biotechnologia #zagrozenia

[FLAC]

@bioslawek: póki co, jest to początkująca technologia więc pewnie jeszcze parę problemów przed nią się pojawi
ale jednocześnie jest na tyle obiecująca, że sądzę iż prace nie zostaną szybko porzucone

[bioslawek]

....A taki panował entuzjazm: "zmodyfikujemy, uzdrowimy, nakarmimy!"

[bioslawek]

@FLAC: Dlatego na każdy biotechnologiczny projekt, polegający na modyfikacjach genetycznych, powinno być kilkuletnie a nawet kilkunastoletnie moratorium, zanim wprowadzi się to na rynek.

[bioslawek]

@FLAC: Masz jakiś pomysł na ulepszenie tej metody?

[FLAC]

@bioslawek: nope, nie ta liga dla mnie, ja dopiero inż. ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[bioslawek]

@FLAC: Ja widzę rozwiązanie: zaprojektują biochemiczną maszynkę do wybiórczego usuwania mutacji i podłączą do tej. Venter się tym zajmie! ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[FLAC]

@bioslawek: ale z tego, jeśli dobrze rozumiem artykuł, to problemy są z modyfikacją na organizmach zwierząt

sądzę, że przy stosowaniu metody takiej jak w chinach, czyli modyfikacji komórek układu odpornościowego i podaniu ich z powrotem do organizmu pacjenta, to raczej randomowe mutacje nie stanowią problemu, bo przed podaniem można rozmnożyć tylko te komórki które zostały prawidłowo zmodyfikowane

[bioslawek]

@FLAC: Stanowią, stanowią - W tym przypadku nie ma różnic.

[hortu]

@bioslawek: Zmodyfikowane Cas9, które pełni funkcje nikazy - przecina tylko 1 nić. By przeciąć obie nicie potrzeba 2 osobne kompleksy, z 2 różnymi sgRNA. 2 sgRNA zwiększają specyficzność miejsc, a tym samym zmniejszają ilość offtargetów.
Po za tym CRISPR bardzo dobrze się sprawdza w badaniach. Wprowadzając mutacje lub delecje w konkretnym miejscu możemy badać jak zachowa się komórka z upośledzonym białkiem.

[bioslawek]

@FLAC:

http://dzienniknaukowy.pl/zdrowie/metoda-crispr-moze-powodowac-niespodziewane-mutacje/

"Co gorsze, o mutacjach zrobiło się głośno już po zastosowaniu tej metody u człowieka. W ubiegłym roku chińscy naukowcy podali choremu na agresywną postać raka płuc zmienione komórki odpornościowe.Więcej na ten temat możne przeczytać w tekście: Metoda edycji genów CRISPR zastosowana u człowieka.

Odkrycie amerykańskich uczonych nie oznacza, że metoda CRISPR-Cas9 nie nadaje się do stosowania. Potrzeba więcej badań, by potwierdzić uzyskane przez badaczy z USA wyniki.

[FLAC]

@hortu: przecinanie dwóch nici jest bardziej inwazyjne, więc jeśli mechanizm nie będzie odpowiednio dobry to efekty mogą być jeszcze gorsze, albo spadnie w ogóle skuteczność metody przez wzrost apoptozy komórek i innych

[bioslawek]

@hortu: Przecież ja nigdzie temu nie przeczyłem. Nie napisałem też, że ta metoda jest całkiem bezużyteczna.

[FLAC]

@bioslawek: tak, ale mówię o tym, że dokonujesz modyfikacji komórki z użyciem CRISPR, po modyfikacji sprawdzasz która ma tylko i wyłącznie pożądane zmiany i takie komórki namnażasz i używasz

to pozwoli odsiać te z modyfikacjami przez nas niepożądanymi

[bioslawek]

@FLAC: Gdyby się tak dało, to jak najbardziej, ale czy taka sztuczna selekcja się sprawdzi? Musieliby opracować metodę do szybkiej analizy.

[FLAC]

@bioslawek: sekwencjonowanie DNA jest coraz szybsze i tańsze, więc jeśli taka tendencja się utrzyma to moim zdaniem jako proces modyfikacja->analiza->namnażanie->aplikacja będzie miała sens jak najbardziej
już teraz koszt to około 1000USD i dwadzieścia parę godzin czasu na kompletny ludzki genom, a ta suma cały czas będzie maleć

(...) the cost to generate a high-quality 'draft' whole human genome sequence in mid-2015 was just above $4,000; by late in 2015, that figure

[bioslawek]

Po za tym CRISPR bardzo dobrze się sprawdza w badaniach. Wprowadzając mutacje lub delecje w konkretnym miejscu możemy badać jak zachowa się komórka z upośledzonym białkiem.

@hortu: Dobre do testowania koncepcji nieredukowalnej złożoności. A zwolennicy samodziejstwa, jak zacięte płyty cały czas twierdzą, że ID to teoria która się nie poddaje testom. Że jest niefalsyfikowana ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[bioslawek]

koszt to około 1000USD

@FLAC: Zostańmy przy tysiaku. Ile trzeba będzie wydać, by przebadać genomy setek, jeżeli nie tysięcy komórek z takich hodowli?

[FLAC]

@bioslawek: dużo dla zwykłego śmiertelnika ( ͡° ͜ʖ ͡°) ale to przy założeniu, że cena nie spadnie

jeśli obecnie ludzie płacą za usługi sekwencji swojego genomu, albo genomu potomstwa w celu szukania możliwych problemów zdrowotnych w przyszłości, to setki tysięcy wydane na sekwencję genomu populacji komórek dla korporacji obracających rocznie bilionami dolarów to niewielki wydatek

[bioslawek]

@FLAC: Gorzej jak się zacznie leczyć cała populacja. W książce jakiegoś genetyka wyczytałem, że co trzecia osoba umrze na chorobę genetyczną, a tą książkę czytałem 10 lat temu ( ͡° ͜ʖ ͡°)