O wypełnieniu pudła wodami za pomocą gromacsa.
0. gromacs zakłada, że pudło jest [0,x], [0,y] [0,z] czyli trzeba zadbać o to aby cząsteczka była w rozsądnym miejscu (skrypt movexyz.py przesuwa molekułę)

1. strukturę w .xyz trzeba przerobić na .gro skrypt xyztogro.py to robi jakby się zgubił to to co w nim istotne pochodzi z dokumentacji gromacsa:
print "%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f" %(resid,resnam,atom,licz,x,y,z)
Tak ma wyglądać linia opisująca atom. Pierwsza linia to komentarz, druga to liczba
  • Odpowiedz