[rmrmg]

O wypełnieniu pudła wodami za pomocą gromacsa.
0. gromacs zakłada, że pudło jest [0,x], [0,y] [0,z] czyli trzeba zadbać o to aby cząsteczka była w rozsądnym miejscu (skrypt movexyz.py przesuwa molekułę)

1. strukturę w .xyz trzeba przerobić na .gro skrypt xyztogro.py to robi jakby się zgubił to to co w nim istotne pochodzi z dokumentacji gromacsa:
print "%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f" %(resid,resnam,atom,licz,x,y,z)
Tak ma wyglądać linia opisująca atom. Pierwsza linia to komentarz, druga to liczba atomow a ostatnia to wymiary pudła

2. mając plik gro można wypełnić pudło magiczną komendą
gmx solvate -cp struktura.gro -o strukturaZwoda.gro
w dokumentacji gromacsa i okolicach pojawia się często polecenie genbox instalowałem soft z paczki z abs (arch) i nie mam genboxa lecz tylko gmx. Na stronie w wiki archa znalazłem magiczną komendę
gmx solvate -cp conf.gro -cs water -box X Y Z -o conf.gro -p topol.top
-cs water działa gdy jest gdzieś water.gro u mnie nie ma, topologii też nie mam bo nie potrzebuje, box jest określony we wsadowym pliku gro więc wystarczy pierwsza komenda.

3. teraz mając plik .gro trzeba odczytać informacje - skrypt grotocpmd.py prezentuje je w takiej postaci, że łatwo jest to wkleić do inputu cpmd

#gromacs #pbc #chemia