Aktywne Wpisy
Adamfabiarz +32
No w końcu proces detailingu zakończony po ponad pół roku od rozpoczęcia. Robione było na 4 raty, bo inaczej musiałbym auto zostawić na 2 tygodnie, a nie mogę sobie na tyle czasu pozwolić bez auta. Koszt całkowity po rabacie: 12,5k zł. I weszło:
- folia ppf 10-letnia na 95% zewnętrze auta (pozostałe 5% to klamki, tylnie światła, relingi dachowe) w tym ściągnięcie napisów i ponowne nałożenie, tak więc folia jest także pod
- folia ppf 10-letnia na 95% zewnętrze auta (pozostałe 5% to klamki, tylnie światła, relingi dachowe) w tym ściągnięcie napisów i ponowne nałożenie, tak więc folia jest także pod
Ranger +459
Ludzie nie do końca zdają sobie sprawę z różnicy rzędu wielkości pomiędzy milionem i miliardem.
Milion sekund to około 11 dni, miliard sekund to 32 lata.
#ciekawostki #matematyka
Milion sekund to około 11 dni, miliard sekund to 32 lata.
#ciekawostki #matematyka
0. gromacs zakłada, że pudło jest [0,x], [0,y] [0,z] czyli trzeba zadbać o to aby cząsteczka była w rozsądnym miejscu (skrypt movexyz.py przesuwa molekułę)
1. strukturę w .xyz trzeba przerobić na .gro skrypt xyztogro.py to robi jakby się zgubił to to co w nim istotne pochodzi z dokumentacji gromacsa:
print "%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f" %(resid,resnam,atom,licz,x,y,z)
Tak ma wyglądać linia opisująca atom. Pierwsza linia to komentarz, druga to liczba atomow a ostatnia to wymiary pudła
2. mając plik gro można wypełnić pudło magiczną komendą
gmx solvate -cp struktura.gro -o strukturaZwoda.gro
w dokumentacji gromacsa i okolicach pojawia się często polecenie genbox instalowałem soft z paczki z abs (arch) i nie mam genboxa lecz tylko gmx. Na stronie w wiki archa znalazłem magiczną komendę
gmx solvate -cp conf.gro -cs water -box X Y Z -o conf.gro -p topol.top
-cs water działa gdy jest gdzieś water.gro u mnie nie ma, topologii też nie mam bo nie potrzebuje, box jest określony we wsadowym pliku gro więc wystarczy pierwsza komenda.
3. teraz mając plik .gro trzeba odczytać informacje - skrypt grotocpmd.py prezentuje je w takiej postaci, że łatwo jest to wkleić do inputu cpmd
#gromacs #pbc #chemia