[farmaceut]

Mirasy z PWr używające Gaussiana. W komendzie sub-gaussian ... -m ... zadeklarowana pamięć RAM jest na procesor czy na całość?

#nauka #farmacja #chemia #pwr #farmaceutmodeluje

[malposzczur_z_sumatry]

@farmaceut: cat albo vim tego pliku sub-gaussian, bo to chyba skrypt wrapujący qsub (tam jest SGE czy jakieś inne kolejkowanie?) i wtedy man qsub. ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[farmaceut]

@malposzczur_z_sumatry: kek?

[malposzczur_z_sumatry]

@farmaceut: strzepki wiedzy z dawnych czasow xD jezeli to jest tylko skrypt submitujacy joby, to zawsze mozesz go podejrzec. Jesli binarka to moze jakis help ma (-h).

[farmaceut]

@malposzczur_z_sumatry: No to dobry pomysl i skorzystalem z niego, ale nadal nie wiem czy pamiec wrzucona do Gaussiana przypada na calosc czy na pojedynczy rdzen?

Tutaj fragment:

#PBS -q $queue

#PBS -l select=1:ncpus=$cores:mem=$((mem+mem_buffer))MB:scratch=1900gb

#PBS -m $notify

#PBS -N ${input_fname:0:15}

#PBS -l software=Gaussian_2016-C01

#PBS -l walltime=${walltime}:00:00

#PBS -l lustre=$cores

[malposzczur_z_sumatry]

@farmaceut: (zgaduje, bo PBS to się dopiero teraz dowiedziałem :D ) wygląda na to, że -l select=1:ncpus=$cores:mem=...:scratch=... wybiera jeden node o $cores rdzeniach i łącznie dostępne mem=mem+buffer RAMu dla całości: tej grupy procesów.

Ale prościej i pewniej zapytaj się kogoś kto tego używa.

mem vs pmem (ale to niekoniecznie to samo, inna lub starsza wersja procs tutaj)

#pbs -l procs=4,walltime=30:00,pmem=1gb Note that this example is not exactly the same as in

[farmaceut]

@malposzczur_z_sumatry: dlatego pytam tutaj, bo kurde nigdzie nie napisali. Stad tez tag politechnika wroclawska