[bioslawek]

O tym, jak tendencyjne prace (pseudo)naukowe są przepychane do renomowanych czasopism!

KOMENTARZ DO ARTYKUŁU:

Proszę wyobrazić sobie małpę, która pisze na maszynie. W wyniku takiego długotrwałego pisania może się trafić jakieś sensowne słowo, ale większość będzie bezsensownym zlepkiem liter. Od czasu do czasu małpa naciśnie spację i będą powstawały krótkie zlepki liter, które po analizie specjalnym programem można odszukać w sensownie napisanej książce, takiej jak „Pan Tadeusz”. Czy na tej podstawie można wyciągnąć wniosek, że małpa jest w stanie napisać „Pana Tadeusza”? Każdy rozsądny człowiek powie, że nie, ale do innych wniosków doszli autorzy artykułu, który przepchnęli do renomowanego czasopisma, co jest kolejnym dowodem na to, że nie wszystko co w takich pismach opublikowano jest zgodne z prawdami naukowymi – badania robili na własny koszt, więc jedyne do czego można się przyczepić to mylące, naciągane wnioski.

Odwołując się do metafory autorów badań i porównując poszczególne białka do sensownych zdań tworzących książkę „Pan Tadeusz” (cały genom), przy założeniu że te „sensowne zdania” wyewoluowały w wyniku przypadkowego łączenia się którkich bezsensownych zlepków liter – małpę piszącą na maszynie należy uznać za taki losowy czynnik. Należy pamiętać, że według założeń darwinistów dobor naturalny mógł zacząć działać dopiero wówczas, gdy istniało już życie – replikator popełniający błędy w powielaniu materiału genetycznego. Na tej zmienności mógł działać dobór naturalny odcedzając dobre mutacje, które dawały przewagę pra-replikatorowi nad innymi replikatorami.

Posługując się metaforą z małpą piszącą na maszynie należałoby dodać jeszcze jeden czynnik, który selekcjonowałby kartki z bełkotem jaki produkuje oddzielając od tego wszystkiego sensowne zlepki liter układając je w sensowne słowa - tworząc z nich zdania. Natomiast ze zdań układając rozdziały, a z rozdziałów całą książkę. Nic takiego podczas ewolucji chemicznej nie mogło mieć miejsca! W ewolucjonizmie postuluje się istnienie dwóch rodzajów doboru naturalnego. Jeden określa się, jako dobór jednorazowy, a drugi kumulatywny. Dobór jednorazowy działał rzekomo podczas ewolucji chemicznej (abiogenezy) i nazywa się CZYSTY PRZYPADEK!

Istotę doboru jednorazowego możemy zilustrować następującym przykładem. Wyobraźmy sobie betoniarkę do której wrzucono poszczególne części maszynki do mielenia mięsa. Jeżeli w wyniku nieprawdopodobnego zdarzenia wszystkie te części połączą się w betoniarce i utworzą funkcjonalną maszynkę do mielenia mięsa, to można będzie powiedzieć, że powstała ona w wyniku doboru jednorazowego. [1]
Innymi słowy autorzy artykułu oparli swoje wnioskowanie na wielu błędach logicznych:

Non-support- Błąd ten powstaje zawsze wtedy, gdy ktoś wyciąga jakiś wniosek na podstawie zbyt małej ilości przesłanek lub na podstawie przesłanek, które są dobrane tendencyjnie.

Hypothesis contrary to fact - Błąd tego typu powstaje wtedy, gdy ktoś argumentuje na podstawie tego, że coś mogło się zdarzyć, choć jednocześnie nic nie wskazuje na to, że tak się zdarzyło, lub nawet coś temu przeczy.

Fallacy of exclusion - Ten błąd logiczny powstaje wtedy, gdy ktoś pomija jakąś ważną informację, która podkopuje jego wnioskowanie

„Naukowcy z Warszawy przeanalizowali język, jakim posługuje się natura przy konstruowaniu białek. W ten sposób powstał słownik jej ulubionych i nielubianych 5-literowych "słów". Badania te rzucają światło na ewolucję białek.”

Badanie ciekawe, ale bezużyteczne jeżeli chodzi o kierunek badań nad ewolucją białek, ponieważ z tym zagadnieniem darwiniści mają zupełnie inne i jak dotąd nieprzebyte problemy [2]. Natomiast pomysł, że podczas ewolucji białek to krótkie peptydy dały początek długim wcale nie jest nowy, bo wynika z logicznej analizy – żaden darwinista nie jest na tyle naiwny, żeby twierdzić że niezwykle skomplikowane białka wyewoluowały za jednym zamachem w obecniej postaci. Innymi słowy stopniową ewolucję postuluje się nie tylko w odniesieniu do ewolucji biologicznej ale i chemicznej.

Gorzej z eksperymentalnymi potwierdzeniami tej tezy, ponieważ najprostsza żywa komórka sklada się z nieredukowalnie złozonych kompleksów i obowiązuje w jej przypadku zasada: WSZYSTKO ALBO NIC! Zadania tego podjął się noblista Jack Szostak i jego praca została wycofana z „Nature” - napisałem o tym w moim ostatnim artykule o tym jak profesor Paweł Golik równocześnie podważał i brobił koncepcji samolubnego genu [3].

Nie jest też nowym pomysłem analiza filogenetyczna białek na podstawie porównywania tych samych domen (homologicznych, analogicznych) obecnych w białkach pełniących różne funkcje. Niemniej to też nie jest dowód na ewolucję, co wykazał Michael Behe na przykładzie białek biorących udział w kaskadzie krzepnięcia krwi [4].

[1] Czy istnieje dobór kumulatywny w ewolucji biologicznej? – Na bezdrożach hipotezy selekcyjnego wymiatania.

https://bioslawek.wordpress.com/2017/12/13/czy-istnieje-dobor-kumulatywny-w-ewolucji-biologicznej-na-bezdrozach-hipotezy-selekcyjnego-wymiatania/

[2] Gdzie są formy przejściowe pomiędzy różnymi białkami?

https://bioslawek.wordpress.com/2013/10/01/gdzie-sa-formy-przejsciowe-pomiedzy-roznymi-bialkami/

[3] Na dzień dzisiejszy na rynku idei naukowych nie ma żadnej spójnej teorii opisującej ewolucję chemiczną wiodąca do powstania pierwszej żywej komórki (abiogenezy).

https://bioslawek.files.wordpress.com/2018/10/o-tym-jak-profesor-biologii-pawec582-golik-rc3b3wnoczec59bnie-podwac5bcac582-i-bronic582-hipotezy-samolubnego-genu-cda1c2b0-cd9cca96-cda1c2b01.pdf

[4] Czy Kennet Miller i Russel Doolittle podważyli nieredukowalną złożoność kaskady krzepnięcia krwi? Poza tym o kilku innych biologicznych układach nieredukowalnie złożonych.

https://bioslawek.wordpress.com/2017/06/08/czy-kennet-miller-i-russel-doolittle-podwazyli-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi-poza-tym-o-kilku-innych-biologicznych-ukladach-nieredukowalnie-zlozonych/

SKOMENTOWANY ARTYKUŁ:

http://naukawpolsce.pap.pl/aktualnosci/news%2C31444%2Cpowstal-bialkowy-slownik-statystyczny-ulubionych-slow-natury.html?fbclid=IwAR0SVIYdYR16niYK7YlNPFy8-S83xjTLv7Wp6a___uH66Je6H-ZSROk42NY

„Naukowcy z Warszawy przeanalizowali język, jakim posługuje się natura przy konstruowaniu białek. W ten sposób powstał słownik jej ulubionych i nielubianych 5-literowych "słów". Badania te rzucają światło na ewolucję białek.

W każdej komórce naszego organizmu jest po kilkanaście, a może i po kilkadziesiąt tysięcy rodzajów białek. Każde białko to splątany łańcuszek złożony z aminokwasów. Białko można porównać do zdania. Może się ono składać z 20 rodzajów literek - aminokwasów. Długość zdania może wynosić np. kilkaset czy kilka tysięcy aminokwasowych "liter". Każde zdanie pełni też funkcje. Np. białko hemoglobina zawierałaby w sobie rozkaz: "chwyć tlen i trzymaj, dopóki nie dostaniesz sygnału, a potem chwyć dwutlenek węgla". Naukowcy próbują rozgryźć kod, jaki wybrała ewolucja, by wprawiać życie w ruch. Ciągle jednak jeszcze w ogromnym stopniu jest to dla ludzkości język obcy.

Aby poznać tajniki tego języka, naukowcy na całym świecie, badając organizmy takie jak kury, muszki owocowe, kukurydzę, prątki gruźlicy czy ludzi, sekwencjonują napotykane w ich komórkach białka. Dzięki temu w publicznie dostępnych bazach danych zgromadzonych jest już ponad 100 milionów sekwencji białkowych - białkowych "zdań". To pokaźna baza danych.

Sherlockowi Holmesowi w zrozumieniu zaszyfrowanej dziwnymi znakami wiadomości pomogła w jednym z opowiadań statystyka. W zaszyfrowanym angielskim tekście m.in. wyszukiwał zbitków trzech liter: "the" składających się na bardzo częsty w tym języku przedimek. I szukał innych częstych w języku zależności. Podobnie polscy naukowcy, żeby rozgryźć niezrozumiały dla nich język zaprzęgli do pomocy statystykę.

ZBADAĆ TO, CO NIE ISTNIEJE

Wszystko zaczęło się od tego, że dr hab. Marcin Grynberg z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN postanowił sprawdzić, czy są jakieś kombinacje aminokwasów, które w przyrodzie w ogóle nie są wykorzystywane do produkcji białek. "Zawsze się zastanawiałem, dlaczego biologia bada tylko to, co w przyrodzie jest, a nie też to, czego nie ma" - opowiada w rozmowie z PAP. Biolog z czystej ciekawości chciał wyprodukować takie "zakazane" kawałki białek i sprawdzić, dlaczego natura ich nie lubi. Wcześniejsze badania innych zespołów wskazywały, że nieznane przyrodzie zlepki aminokwasów faktycznie istnieją.

Pomysł spodobał się kilkorgu innym badaczom, dr Annie Muszewskiej, dr Marcie Hoffman-Sommer, prof. Jarosławowi Poznańskiemu, dr hab. Krzysztofowi Pawłowskiemu oraz dr Konradowi Dębskiemu - ale nie tylko. Do udziału w badaniach zaangażował się hobbystycznie Jan Topiński - z wykształcenia filozof, z zawodu - informatyk. Badania prowadzili po godzinach, obok swoich codziennych zajęć, ponieważ agencje grantowe nie chciały na ich pracę przeznaczyć pieniędzy. W pracach badawczych udział brali nie tylko naukowcy z najlepszych polskich uczelni i instytutów. W badania włączyły się także dwa prywatne podmioty in4mates oraz Fork Systems, które z zamiłowania do nauki i niezdrowej ciekawości wsparły prowadzone prace badawcze.

Badania trwały ponad 3 lata, ale ryzyko się opłaciło. W październiku wyniki badań ukazały się w prestiżowym czasopiśmie "Scientific Reports" (https://www.nature.com/articles/s41598-018-33433-8). A tam ze świecą szukać badań autorstwa całkowicie polskich zespołów.

Naukowcy zebrali dane o wszystkich znanych dotąd białkach z dwóch ogólnoświatowych baz takich danych. Aminokwasy podzielili na fragmenty 5-literowe i zrobili ranking popularności takich zlepków, tzw. pentapeptydów.

"Jeśli potraktować białka jak zdania, to my chcieliśmy badać fragmenty białkowych zdań - słowa, z których się składają. Chcieliśmy sprawdzić, jakich słów przyroda używa najczęściej" - opowiada jeden z autorów badań, Jan Topiński.

Możliwych 5-literowych kombinacji 20 aminokwasów jest aż 3,2 miliona. Testowano też fragmenty dwu-, trzy- i czteropeptydowe. Jednak kombinacje składające się z pięciu aminokwasów okazały się na tyle długie, że już pojawiały się ciekawe zależności. Ale na tyle krótkie, że jeszcze łatwe do analizy.

Niestety, nadzieje dr. Grynberga nie ziściły się: okazało się, że nie ma fragmentów "zakazanych przez naturę". Każdy 5-literowy zlepek aminokwasów gdzieś przez przyrodę jest wykorzystywany. Autorzy poprzednich badań donoszący o „zakazanych peptydach” byli więc w błędzie. Wynikało to z tego, że wcześniejsze bazy danych zawierały skromniejszy przegląd różnorodności biologicznej niż te dostępne obecnie.

Badania dały też inne ciekawe efekty. Przygotowano np. statystyczny słownik 5-literowych zlepków peptydów ulubionych przez naturę. "Na pewno nie jest tak, że wszystkie peptydy są równie popularne. Są fragmenty, które setki razy częściej są wykorzystywane w białkach, niż inne" - opowiada PAP inny uczestnik badań, dr hab. Krzysztof Pawłowski z SGGW.

SPOJRZEĆ W PRZESZŁOŚĆ

Naukowiec wyjaśnia, że w statystykach, jakie przygotował wraz z kolegami, odbija się ewolucja białek. Hipotezą naukowców jest to, że współczesne białka powstawały z ewolucji krótkich peptydów. A więc w początkowych fazach życia sekwencje peptydowe były króciutkie. A jednak działały. Takie najpopularniejsze na świecie krótkie białkowe słówka są świetnymi kandydatami na prabiałka.

"Astronomowie, analizując promieniowane docierające ze Wszechświata, mogą zajrzeć w przeszłość i zobaczyć ślady Wielkiego Wybuchu. A my, analizując sekwencję aminokwasów w białkach, jesteśmy w stanie dostrzec ślady starożytnych białek" - porównuje dr Pawłowski.

Do analizy języka "białkowego" wykorzystano numeryczne metody stosowane wcześniej np. do analizy języka. "Gdybyśmy podzielili tekst +Pana Tadeusza+ na ciągi liter o długości po 5 znaków, może i na pierwszy rzut oka nie miałoby to sensu. Ale wbrew pozorom coś istotnego bylibyśmy dzięki temu w stanie zauważyć" - opowiada Jan Topiński. Zwraca uwagę, że jednym z bohaterów jest ksiądz Robak. I ten zlepek pięciu liter "ROBAK" pewnie pojawiałby się w podzielonym na piątki Panu Tadeuszu statystycznie częściej, niż inne, np. składające się z tych samych liter słowo "KORBA". "To by nam dało do myślenia. Do czego akurat ten fragment jest potrzebniejszy niż inne?" - tłumaczy Jan Topiński.

Nawet jeśli więc 5-literowe zlepki nie są całymi słowami używanymi przez naturę, to mogą podpowiadać naukowcom ważne obszary badań - np. to, którym fragmentom których białek warto się przyjrzeć bliżej, skoro tak bardzo upodobała je sobie ewolucja. "Chcemy teraz zrozumieć, w czym te fragmenty są tak dobre, że natura je częściej wybiera" - uśmiecha się dr Grynberg.

Naukowcy ponadto chcieli sprawdzić, czy ewolucja jednakowo działała w całych białkach. Sprawdzali, czy te same sekwencje są popularne w tzw. fragmentach domenowych białek. A inne sekwencje są popularne w tzw. fragmentach. Ewolucja wybrała więc w różnych częściach białek różne drogi. Co również jest nieoczekiwanym wnioskiem naukowców.

"Gdyby wszystkie pentapeptydy występowały w przyrodzie jednakowo często, świat byłby nudny" - podsumowuje dr Krzysztof Pawłowski z SGGW. Ma nadzieję, że dzięki publikacji w "Scientific Reports" łatwiej będzie przekonać komisje grantowe do finansowania dalszych badań zespołu nad językiem białek. Bo pytań, które powstały podczas tego projektu, nie brakuje.

PAP - Nauka w Polsce, Ludwika Tomala”

#nauka #biologia #ewolucja #ciekawostki #pseudonauka

[KubaGrom]

Klasyczne obalanie chochoła - twierdzimy, że biolodzy twierdzą, że pierwsza funkcjonująca jak współczesne komórka zlepiła się jednorazowo z mieszaniny związków chemicznych; dowodzimy że to niemożliwe, zatem obalamy biologię! Aby omamienie było pełne, tworzymy nieistniejące pojęcia. Na przykład "dobór jednorazowy" w internecie pojawia się tylko w tekstach Bioslawka (od 2010 roku)

[bioslawek]

Na przykład "dobór jednorazowy" w internecie pojawia się tylko w tekstach Bioslawka

@KubaGrom: Biosławek zaczerpnął tą nazwę od samego Richarda Dawkinsa i kto wyszedł na chochoła i nieuka? ( ͡° ͜ʖ ͡°)

„Ślepy zegarmistrz” w rozdziale, który dotyczy problemu pochodzenia życia (Rozdział 6: „POCZĄTKI ŻYCIA A CUDA” ,na str.: 110)

Cytuję:

„(….) Nikt, kto zastanowił się chwilę nad tą kwestią, nie zaprzeczy, że urządzenie tak