tail -n 1 *log | grep -v Normal | grep -v '^$'| grep -v "==" -B 1| grep ==| awk '{print $2}'

#icm #gaussian

generowanie topologii dla gromacsa:

1. na stronie gromacsa
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Other_software
jest program topolbuild1_3, który potrafi wygenerować topologie i wszystko inne co gromacs potrzebuje na podstawie pliku mol2

2.Pokaż całość

squeue -u rmrmg -o "%.18i %.8j %.8T %.10M %.4D %20V %l %R"

#icm #slurm #squeue

gmx solvate -cp 77.gro -cs dmso.gro -box 1.8 1.8 1.8 -o res.gro

jakby znowu ktoś nagla chciał serwer do pka to
# cd pka/flask/
# FLASK_APP=web.py flask run --host=0.0.0.0

#jmol #chemia

spacefill 65%JMOL

w ten sposób można ustawić rozmiar atomów jako procent ich promieni van der Waalsa

#rdkit #reakcjachemiczna #chemia

W rdkicie można "robić" reakcje chemiczne określając substraty, produkt(y?). Można numerować atomy - generanie wszystko co SMARTS przewiduje. Reakcja z dwoma substratami ("." rozdziela substraty a po ">>" jest produkt):
r3=AllChem.ReactionFromSmarts('[C:1]=[C:2].[C:3]=[*:4][*:5]=[C:6]>>[C:1]1[C:2][C:3][*:4]=[*:5][C:6]1')

Potem uruchomienie RunReactants z krotką substratów powinno zwrócić listę(albo krotkę) z możliwymi produktami.Pokaż całość

#rdkit #c++
Biblioteka rdkit nie ma porządnej dokumentacji do C++ API. Kilka przykładów w źródłach i tyle. Korzystając z przykładu zrobiłem minimalny kod który tylko tworzy obiekt MOL.

#include
#include
#includePokaż całość

#vmd #chemia #dynamikamolekularna #cpmd #md

Magiczne komendy do vmd:

1. within 4 of name 'Pt'

2.Pokaż całość

O wypełnieniu pudła wodami za pomocą gromacsa.
0. gromacs zakłada, że pudło jest [0,x], [0,y] [0,z] czyli trzeba zadbać o to aby cząsteczka była w rozsądnym miejscu (skrypt movexyz.py przesuwa molekułę)

1. strukturę w .xyz trzeba przerobić na .gro skrypt xyztogro.py to robi jakby się zgubił to to co w nim istotne pochodzi z dokumentacji gromacsa:
print "%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f" %(resid,resnam,atom,licz,x,y,z)
Tak ma wyglądać linia opisująca atom. Pierwsza linia to komentarz, druga to liczba atomow a ostatniaPokaż całość

Jako, że joggera zamykają przydałoby się jakieś miejsce gdzie można łatwo i wygodnie wrzucać rzeczy, które potrzebuję jakoś zapisać (np magiczne komendy jmola). Może mikroblog będzie dobry do tego.