generowanie topologii dla gromacsa:
1. na stronie gromacsa
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Other_software
jest program topolbuild1_3, który potrafi wygenerować topologie i wszystko inne co gromacs potrzebuje na podstawie pliku mol2
2. fajnie ale program ma dość specyficzne wyobrazenie o mol2. Zwyklły format mol, jak opisane tutaj http://www.nonlinear.com/progenesis/sdf-studio/v0.9/faq/sdf-file-format-guidance.aspx nie działa
3. mol2 wygenerowany przez babel:
babel ccc.smi --gen3D dd.mol2
(smi to plik ze smiles, nie znalazłem aby można było po prostu wstawić smilesa jako argument)
też nie
1. na stronie gromacsa
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Other_software
jest program topolbuild1_3, który potrafi wygenerować topologie i wszystko inne co gromacs potrzebuje na podstawie pliku mol2
2. fajnie ale program ma dość specyficzne wyobrazenie o mol2. Zwyklły format mol, jak opisane tutaj http://www.nonlinear.com/progenesis/sdf-studio/v0.9/faq/sdf-file-format-guidance.aspx nie działa
3. mol2 wygenerowany przez babel:
babel ccc.smi --gen3D dd.mol2
(smi to plik ze smiles, nie znalazłem aby można było po prostu wstawić smilesa jako argument)
też nie
#icm #gaussian