Mam takie pytanko, morze mondre, morze gupie, nie wiem. Na podstawie 1t46.pdb utworzyłem sobie strukturę w VMD. Moją uwagę przykuła reszta Cys, która nakłada się na inną. Patrząc na współrzędne w pliku .pdb ewidentnie widać, że nakładają się na siebie węgle. Z czego to wynika? Po prostu błąd podczas wyznaczania struktury przez krystalografów?
#chemia i trochę #biologia #biotechnologia #vmd #krystalografia

#vmd #chemia #dynamikamolekularna #cpmd #md

Magiczne komendy do vmd:

1. within 4 of name 'Pt'

2. name 'C' or name 'Pt' or index 156 or index 157

Pierwsza jest bardzo fajna bo pokazuje wszystko wokół wybranego atomu w zadanym promieniu. W moim wypadku super aby obserwować sferę koordynacyjną (a drugie jest intuicyjne)