rmrmg
rmrmg
#rdkit #reakcjachemiczna #chemia

W rdkicie można "robić" reakcje chemiczne określając substraty, produkt(y?). Można numerować atomy - generanie wszystko co SMARTS przewiduje. Reakcja z dwoma substratami ("." rozdziela substraty a po ">>" jest produkt):
r3=AllChem.ReactionFromSmarts('[C:1]=[C:2].[C:3]=[*:4][*:5]=[C:6]>>[C:1]1[C:2][C:3][*:4]=[*:5][C:6]1')

Potem uruchomienie RunReactants z krotką substratów powinno zwrócić listę(albo krotkę) z możliwymi produktami.
2
  • Najlepsze
  • Wszystkie komentarze
j.....u
j.....u
@rmrmg: zrob sobie w chroocie albo systemd-nspawn (b. wygodne) stabilne srodowisko (ubuntu/debian/fedora, zamrozony arch) do tego programu i aktualizuj w oderwaniu od głównego systemu.
Btw. ciekawa zabawka ;)
0
rmrmg
rmrmg
#rdkit #c++
Biblioteka rdkit nie ma porządnej dokumentacji do C++ API. Kilka przykładów w źródłach i tyle. Korzystając z przykładu zrobiłem minimalny kod który tylko tworzy obiekt MOL.

#include
#include
#include
2