potrzebuję pomocy z modelowaniem dynamiki molekularnej w NAMD lub w GROMACS i szukam kogoś, kto się na tym zna chcę wymodelować agregację małych oligomerów metaloorganicznych, ale nie mogę nawet uruchomić czegoś podobnego jak w filmiku - tutoriale generalnie są napisane dla modelowania cząsteczek białek i nie pomaga mi to w utworzeniu mojego systemu
@Matan_Jagiz: ok, wiem ze istnieje cos takiego jak LAMMPS, ale cos wiecej? Czy to narzedzie bedzie sie nadawalo bardziej do takiego rodzaju symulacji? Czy ma jakies tutoriale albo opisane przypadki, z ktorych mozna jakies ogolne dzialania wyciagnac?
@92feliks Ogólnie jest potężnym narzędziem. Tibia tam symulacje cząsteczek jak najbardziej. Robiłem to na studiach stąd to wiem. Wygląda na mega skomplikowane, ale warunki i rodzaje oddziaływań można znaleźć w necie. Jest tego bardzo dużo. Znajdź LAMMPS w guglu. Jest tam wszystko co można i jak to zrobić
@gleorn: no wlasnie lammps poki co mi tez nie ruszyl, bo nie mam pliku z konfiguracja, a na necie nie znalazlem zadnego ogoknego pliki, ktory moge prosto zmodyfikowac dla swojego przypadku Generalnie, to na codzien robie obliczenia kwantowochemiczne, wiec md to jest dosc nowa dzialka dla mnie Wiec w namd mam problem ze zrobieniem pliku psf, a w lammps nie potrafie znalezc/stworzyc pliku z konfiguracja (in.* najczesciej sie nazywa)
pękła mi miska plastikowa do mycia stóp więc ją skleiłam a potem wypaliłam w niej wejście i pomalowałam na czarno żeby ptaki się nie bały i mam nadzieję że teraz jakiś w niej zamieszka, to domek dla ptaków mojej flejaczej roboty #lifehack #diy
chcę wymodelować agregację małych oligomerów metaloorganicznych, ale nie mogę nawet uruchomić czegoś podobnego jak w filmiku - tutoriale generalnie są napisane dla modelowania cząsteczek białek i nie pomaga mi to w utworzeniu mojego systemu
Lammps i vdo?
Ogólnie jest potężnym narzędziem.
Tibia tam symulacje cząsteczek jak najbardziej. Robiłem to na studiach stąd to wiem. Wygląda na mega skomplikowane, ale warunki i rodzaje oddziaływań można znaleźć w necie. Jest tego bardzo dużo. Znajdź LAMMPS w guglu. Jest tam wszystko co można i jak to zrobić
Generalnie, to na codzien robie obliczenia kwantowochemiczne, wiec md to jest dosc nowa dzialka dla mnie
Wiec w namd mam problem ze zrobieniem pliku psf, a w lammps nie potrafie znalezc/stworzyc pliku z konfiguracja (in.* najczesciej sie nazywa)
http://utkstair.org/clausius/docs/mse614/text/examples.html
Szukaj w googlach initial conf lammps examples hydrocarbons water