Małopolska to jeden z czterech regionów, w których wprowadzono największe zmiany. Z rozkładu znikło 30 połączeń. Głównie do Tarnowa, Oświęcimia i Katowic. Na dworcu Głównym w Krakowie wiszą aktualne informacje, ale nowych połączeń nie znają jeszcze pracownicy kolei.