@CzarnySamochodzik: Czemu chcesz to ładować do jednego projektu?

Zrób 3 projekty:
1. projekt php–owy
2. projekt python–owy
3. projekt na elementy wspólne (domyślam się, że jakieś assety, obrazki, konfiguracje, może szablony, itp)

Pierwsze dwa ładują sobie trzeci z git submodules albo jakimś menedżerem pakietów i załatwione.

Masz czystą separację, jasne zależności i brak zamieszania.