Tytułowe Black Lagoon to nazwa grupy podejmującej sie zadań z pogranicza prawa. Poznajemy ich w trakcie wykonywania pewnego zlecenia, wskutek którego dołącza do nich jeden z bohaterów. Ta grupa to coś więcej niż zwykli przemytnicy, czy zbiry do wynajęcia. Ich działania nie zawsze zgodne z prawem, często narażające ich na ryzyko śmierci, niekoniecznie prowadzą jedynie do zysku za wszelką cenę.