Kefir reguluje procesy przemiany materii, przyczynia się do usprawnienia procesów przyswajania białka i wapnia, powoduje obniżenie ciśnienia tętniczego i poziomu cholesterolu we krwi. Ponadto kefir ma zdolność rozkładania związków rakotwórczych przyswajanych przez organizm wraz z żywnością, dzięki dużej zawartości węglowodanów wspomaga transportowanie i absorbowanie cukrów złożonych i prostych np. laktozy u osób o złej wchłanialności tego cukru. Dzięki substancjom antybiotycznym hamuje też rozwój chorobotwórczych bakterii występujących w przewodzie pokarmowym oraz dostarcza organizmowi