Układanka faktów w sprawie włoskiej epidemii zaczyna się układać w pewien intrygujący obrazek. W bazie danych genetycznych GISAID, której część danych jest publicznie dostępna, opublikowano już pierwsze wyniki na temat włoskich szczepów nowego koronawirusa. Najbardziej interesujące jest drzewo filogenetyczne, pokazujące pokrewieństwa między szczepami izolowanymi w różnych miejscach. Można po tym zgadywać potencjalne drogi szerzenia wirusa oraz oceniać liczbę zmian genetycznych. Im więcej rozgałęzień prowadzi po drodze do danego szczepu, tym więcej zaszło w wirusie zmian genetycznych przekazywanych późniejszym zarażonym.
W bazie pojawił się szczep Italy/CDG1/2020, wyizolowany 20 lutego od 38-letniego mężczyzny z Lombardii. Czyli bezpośrednio od przypadku indeksowego, pierwszego znanego w tej lokalnej epidemii. Jest to szczep odległy o zaledwie dwa bliskie odgałęzienia od głównego pnia, co oznacza, że z bardzo mała liczbą pośrednich nosicieli pochodzi wprost z Wuhan. Dla porównania szczepy południowokoreańskie, których jest w bazie kilka różnych, mają do pnia dwa, trzy a jeden nawet sześć odgałęzień. Nie jest chyba zaskoczeniem, że do tego samego rozwidlenia co szczep z Włoch, należą wyizolowane później szczepy z Brazylii, Finlandii, Niemiec w regionie Badenia-Witembergia i najnowszy z Meksyku. Mamy potwierdzenie, że w tych miejscach zachorowały osoby, które przybyły z Włoch. Najbardziej interesujące jest jednak to, że linia genetyczna prowadząca do włoskich i pochodnych od niej szczepów, nie jest osamotniona, lecz tuż tuż przed nią pojawiło się jedno skromne odgałęzienie.
Szczep, wykazujący filogenetycznie największe podobieństwo do pierwszej próbki z Włoch i kolejnych powiązanych z epidemią w Lombardii, ale wyizolowany już trzy tygodnie wcześniej. 28 stycznia wyizolowano go z próbki pochodzącej z Niemiec, a konkretnie z miasta Starnberg. Które akurat jest epidemiologom już dobrze znane, bo to tam nastąpiła pierwsza pozaazjatycka epidemia wśród pracowników niemieckiej firmy Webasto...
W bazie pojawił się szczep Italy/CDG1/2020, wyizolowany 20 lutego od 38-letniego mężczyzny z Lombardii. Czyli bezpośrednio od przypadku indeksowego, pierwszego znanego w tej lokalnej epidemii. Jest to szczep odległy o zaledwie dwa bliskie odgałęzienia od głównego pnia, co oznacza, że z bardzo mała liczbą pośrednich nosicieli pochodzi wprost z Wuhan. Dla porównania szczepy południowokoreańskie, których jest w bazie kilka różnych, mają do pnia dwa, trzy a jeden nawet sześć odgałęzień.
Nie jest chyba zaskoczeniem, że do tego samego rozwidlenia co szczep z Włoch, należą wyizolowane później szczepy z Brazylii, Finlandii, Niemiec w regionie Badenia-Witembergia i najnowszy z Meksyku. Mamy potwierdzenie, że w tych miejscach zachorowały osoby, które przybyły z Włoch. Najbardziej interesujące jest jednak to, że linia genetyczna prowadząca do włoskich i pochodnych od niej szczepów, nie jest osamotniona, lecz tuż tuż przed nią pojawiło się jedno skromne odgałęzienie.
Szczep, wykazujący filogenetycznie największe podobieństwo do pierwszej próbki z Włoch i kolejnych powiązanych z epidemią w Lombardii, ale wyizolowany już trzy tygodnie wcześniej. 28 stycznia wyizolowano go z próbki pochodzącej z Niemiec, a konkretnie z miasta Starnberg. Które akurat jest epidemiologom już dobrze znane, bo to tam nastąpiła pierwsza pozaazjatycka epidemia wśród pracowników niemieckiej firmy Webasto...
źródło: comment_1583164121pXEtiHmpIqUkfAaoWUKQ4U.jpg
Pobierz