Akcja filmu Kryptonim U.N.C.L.E. rozgrywa się w latach 60. XX wieku, w kulminacyjnym okresie zimnej wojny. Skupia się na postaciach agenta CIA Napoleona Solo oraz agenta KGB Illyi Kuryakina. Agenci, zmuszeni odłożyć na bok wzajemne animozje, łączą siły, aby powstrzymać tajemniczą...