Płacę 500plusów temu, który poda mi nazwę high-quality, freeware software do wyszukiwania konformerów dużych związków.
Dotychczas korzystałem z Gabedit i fajnie działał, ale szukam teraz dla cyjanokobalaminy, owszem - znajduje. Jednak układa atomy w tak dziwny sposób, że powstają wiązania, których nie powinno być... A nie da się tam zmodyfikowac długości.
@biont: yups, ale średnio wynajduje konformerow. Spróbowałem jeszcze, ze geometrię z Gabedit zapisałem jako .mol, tam za pomocą GAFFa zoptymalizowalem i sprawdzę czy SCRF w Gaussianie przejdzie. Zrobiłem z STO-3G, jak nie pykanie to naprawdę nie mam pomysłu. Chyba, ze zmiana metody konwergencji na XCGF
@farmaceut: kurde, pamiętam ze swoich studiów, że były 2 programy, jakich my używaliśmy. Coś na V, z podwójnym Z na końcu i jakiś program z wynikami, ale spektrofotometrii na podstawie pików. Nie pamiętam już jego nazwy :( Ale sprawa fajna, Chociaż jak nie możesz edytować długości wiązań, to głupie wg mnie.
@buczubuczu: Na V jest VMD, rozszerzony o dynamikę z NAMD. Spoko sprawa, ale też nie wychodzi ( ͡°͜ʖ͡°) Problem tkwi w tym, że związek oprócz tego, że jest w duży, to jest jeszcze cholernym, wielkim układem pierścienia, gdzie centralny atom kobaltu jest otoczony podstawnikami. I przez to program liczy je jako liczące się do powierzchni van der Waalsa atomu centralnego... (╯°□°
@farmaceut Widzę kolega też adept sztuki chemicznej i to starszy stażem, co prawda nie pomogę ale zapytam xD Znasz jakiś program do rysowania aparatury który nie jest tym #!$%@? chemsketchem?
@GroznaCzupakabra: Niestety, chemia obliczeniowa here... BTW tylko chemsketch kojarze - ale on był spoko. Jakbyś musiał używać Marvina to dopiero Cię #!$%@? trafi xD
Dotychczas korzystałem z Gabedit i fajnie działał, ale szukam teraz dla cyjanokobalaminy, owszem - znajduje. Jednak układa atomy w tak dziwny sposób, że powstają wiązania, których nie powinno być... A nie da się tam zmodyfikowac długości.
Tak więc... liczę na Was!
#nauka #farmacja #chemia #pytanie #kiciochpyta #pytaniedoeksperta
źródło: comment_1596018766gTK5xen4DfHvfi5bGb1QfA.jpg
PobierzAle sprawa fajna, Chociaż jak nie możesz edytować długości wiązań, to głupie wg mnie.
źródło: comment_15960246173wmbKzYIiDpsk6ffKxVSjX.jpg
PobierzZnasz jakiś program do rysowania aparatury który nie jest tym #!$%@? chemsketchem?
No to chemsketch robi dokładnie to samo xX
Nie wiem, czy takie coś cię satysfakcjonuje, ale tyle przychodzi mi do głowy.