Minęło trochę czasu, czas więc na przegląd publikacji naukowych na tem... (@KubaGrom)

Minęło trochę czasu, czas więc na przegląd publikacji naukowych na temat wirusa z Wuhanu, pod tagiem #koronawirusfakty
Na obrazku: sposób uporządkowania genomów betakoronawirusów z pierwszej publikacji.

* Kompletna charakterystyka genomu nowego wirusa, z wyróżnieniem genów i domen w ich obrębie. Autorzy zauważają, że domena orf3b w obrębie genu kodującego białka sterujące replikacją, jest w nowym wirusie całkiem odmienna od innych koronawirusów i koduje całkiem nowe białko. Domena ta, ale o innej sekwencji, była już wykrywana w wirusach SARS i nietoperzych. Podczas epidemii SARS szczepy z delecją domeny replikowały równie łatwo jak z nią, więc nie koduje ona białka koniecznego do rozmnażania, natomiast wydaje się wiązać z większą zjadliwością poprzez przyspieszanie śmierci komórki i hamowanie wytwarzania interferonu. Dokładna funkcja nowego białka z pewnością będzie jeszcze badana. Być może nakierowanie testów genetycznych na ten fragment da większą specyficzność.
Odmienność wirusa ujawnia się też w aktywnej i pełnej domenie orf8, która była obecna w najwcześniejszej fazie epidemii SARS ale potem uległa mutacji która ją dezaktywowała.
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1719902?src=recsys

* Kolejne potwierdzenie znanej już informacji o pochodzeniu wirusa od nietoperzy. Tym razem po analizie RNA od dwóch chorych wykazano w przypadku jednego ważnego genu wirusowego 98,7% zgodności z genem w zbadanym wcześniej wirusie wykrytym u nietoperzy.
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1725399

* Podsumowanie przypadków zarażeń w Korei Południowej. Publikacja obejmuje 24 przypadki do 7 lutego. W grupie tej większość stanowiły importy osób zarażonych w Chinach, jedna zaraziła się w Japonii, dziewięć zaraziło się już w kraju. Wystąpiła mała seria zarażeń - 26-letnia koreanka, która przyjechała z Wuhan i była trzecią zarażoną, zaraziła pacjenta nr. 6, ten zaraził pacjentów 10,11, 21.
Cztery osoby nie podróżowały i nie miały kontaktu z pozostałymi chorymi, co sugeruje istnienie w kraju nieznanych w tym czasie zarażonych, którzy nieświadomie roznoszą wirusa.
Najmłodsza osoba z grupy ma 21 lat, sześć ma między 20 a 30 lat, najstarsza 62 lata. Nie ma tu więc aż takiej dysproporcji wiekowej jak w publikacjach z Chin.
Autorzy proponują aby stosować prewencyjną kwarantannę wszystkich pasażerów z Chin, co może obejmować nawet 20 tysięcy osób dziennie.
https://jkms.org/DOIx.php?id=10.3346/jkms.2020.35.e62

* Dane kliniczne 139 pacjentów leczonych w szpitalu uniwersyteckim w Wuhan.
40 osób było pracownikami szpitala a 17 pacjentami leczonymi z powodu innych chorób. 75% chorych to mężczyźni, średnia wieku 56 lat (od 22 do 92). 36 osób znalazło się na intensywnej opiece medycznej z powodu ciężkich komplikacji. Grupa ta była średnio starsza niż pacjenci leczeni na zwykłym oddziale (średnia wieku 66 lat kontra 51). Ostatecznie do dnia 3 lutego 6 osób zmarło, 47 wyzdrowiało.
46% chorych miało jeszcze inne zaburzenie zdrowia (nadciśnienie, cukrzyca, choroby naczyniowe). Wśród osób, które trafiły na OIOM było takich podwójnie chorych wyraźnie więcej (58% z nadciśnieniem i 20% z cukrzycą), więc przewlekłe choroby wyraźnie pogarszają przebieg infekcji. Nie było natomiast różnic w proporcji płci wśród pacjentów z OIOMu i poza nim. Wszystkie ofiary śmiertelne pochodziły z tej grupy, zarazem do dnia zakończenia zbierania danych 9 osób wyzdrowiało.
Wśród opisanych znalazł się superroznosiciel, który został przyjęty z objawami brzusznymi i trafił na oddział chirurgiczny. Od niego zaraziło się 10 pracowników. Jeszcze cztery inne osoby wykazywały na samym początku nietypowe objawy brzuszne - ból i wymioty - i tylko jedna miała jeszcze gorączkę.
Średnio od czasu pojawienia pierwszych objawów do duszności mijało 5 dni, do przyjęcia do szpitala 7 dni a do ostrej niewydolności oddechowej 8 dni. Pacjenci wyleczeni przebywali w szpitalu średnio 10 dni (zakres 7-14). Nie zaobserwowano korzyści przy stosowaniu jako leku przeciwwirusowego oseltamiviru (który w zasadzie radzi sobie głównie z grypą) ani metyloprednizolonu.
O dziwo dwie jedyne osoby chore na wirusa HIV nie znalazły się na OIOM, choć nie wiem czy były w grupie wyleczonych. Można zgadywać, że osoby te leczyły się lekami antyretrowirusowymi, które powstrzymują namnażanie wirusów RNA i wydają się choć w części hamować infekcje koronawirusa z Wuhan, który też jest wirusem RNA.
https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2761044

* Mała publikacja z Wuhan, w zasadzie studium przypadku, opisujące leczenie dwóch pacjentów, u których obecność wirusa potwierdzono w zasadzie już po wyleczeniu. Oboje zostali przyjęci na przełomie grudnia i stycznia z objawami ciężkiej infekcji z zajęciem płuc, mieli kontakt z feralnym targiem owoców morza. Testy sprawdzające najczęstsze patogeny nic nie wykazały, byli więc leczeni na nieustaloną infekcję przy pomocy leków o szerokim spektrum. Oprócz przeciwwirusowego oseltamiviru i chlorowodorku abidolu dostawali też, metyloprednizolon, leki przeciwbakteryjne, leki na chlamydię i mykoplazmę, spore dawki ludzkiej immunoglobuliny gamma i tradycyjny lek ziołowy Tanreqing. Oboje zostali wyleczeni w ciągu dwóch tygodni i wypisani ze szpitala. Dopiero po tym szpital zaczął prospektywnie badać próbki już wypisanych pacjentów z objawami płucnymi, bo wtedy ministerstwo zdrowia ogłosiło nową chorobę wirusową.
Autorzy artykułu nie przesądzają o tym co konkretnie przyczyniło się do wyzdrowienia pacjentów, ale wskazują że najprawdopodobniej zdecydowały tutaj codzienne dawki immunoglobuliny (z innych artykułów wynika, że użyte tu środki przeciwzapalne i przeciwwirusowe nie działają, więc w zasadzie zostaje tylko globulina i może ten lek ziołowy). Byłaby to więc jakaś wskazówka przy leczeniu.
https://link.springer.com/article/10.1007/s12250-020-00203-8
#koronawirus #koronawirusfakty #zdrowie #2019ncov #gruparatowaniapoziomu