[Barteky]

#biologia #bioinformatyka #dna #genetyka
Uczę się do kolokwium z Bioinformatyki i mam mała zagwozdkę. Treść zadania:

"W oparciu o podaną tabelę kodu genetycznego zmodyfikuj daną sekwencje DNA każdorazowo wprowadzając zmian tak, aby zawierała mutację jednonukleotydową a) cichą/ b) synonimiczną / c) niesynonimiczną / d) nonsens. Opisz, na czym polega ten typ mutacji. Przyjmij założenie, że właściwa ramka odczytu to +1 i przedstawia ona pełną sekwencję białka.
Sekwencja wyjściowa:
ATGCTTATGAGATCGCGAGACGAA"

Ogólnie wiem o co chodzi w zadaniu, mam podzielić sekwencje na kodony i odpowiednio je zmodyfikować. Mam tylko problem ze zrozumieniem o co chodzi z "Przyjmij założenie, że właściwa ramka odczytu to +1 i przedstawia ona pełną sekwencję białka." Ktoś jest w stanie mi to sensownie wytłumaczyć?

(mój kierunek nie ma w ogóle nic wspólnego z bioinformatyką, nie wiem czemu mam ten przedmiot ale kulam tą kupę na zaliczenie. Wiem, że dla kogoś kto w tym siedzi musi to być banalne więc proszę o pomoc.)

[WistfulJesus]

@Barteky: +1, czyli zaczynasz od ATG, +2 czyli zaczynasz czytac od TGC, +3 czytasz od GCT. Analogicznie dla nici przeciwnej masz -1, -2 i -3, czyli lacznie sześć ramek odczytu. Z tym, ze nalezy pamietac ze czytajac od tylu robimy reverse complement, czyli zamiast AAG robimy TTC w ramce -1. No ale tu w zadaniu jest naprostszy mozliwy scenariusz, czyli +1. Powodzenia na kolokwium :)

[Barteky]

@WistfulJesus super. Nie mogłem znaleźć tego w żadnych źródłach. Dzięki wielkie! :)

[WistfulJesus]

@Barteky: A jakie wam polecali zrodla do nauki? BTW, ktory uniwerek?

[Barteky]

@WistfulJesus: Poitechnika Poznańska, dostaliśmy slajdy od prowadzącej a oprócz tego polecali nam

1. P.G.Higgs, T.K.Atwood. Bioinformatyka I ewolucja
molekularna. PWN. Warszawa. 2012.
2. J.Xiong. Podstawy bioinformatyki. Wyd.
Uniwersytetu Warszawskiego. Warszawa. 2009.

z tymi ramkami odczytu w sumie to wiem o co chodzi tylko nie byłem pewien na 100% że to o to chodziło.