[farmaceut]

Mirasy, podpowiedźcie...
Mam diagram energetyczny i muszę go dobrze wyskalować, aby energia każdej cząsteczki była widoczna.

Probuje to na cztery sposoby:
- W atomowych jednostkach energii [a.u.] - bardzo małe różnice są wtedy;
- W kcal/mol - bardzo duże liczby powstają;
- Relatywnie, w jednostkach atomowych (wyjsciowa struktura 0 a.u.) - zbyt małe różnice...;
- Relatywnie, w kcal/mol - zbyt duży przeskok między energią zrelaksowanych i niezrealksowanych.

Problem ciągle tkwi w tym, że różnica między nimi jest za mała... Może coś ze skalowaniem jednostek? Tylko:
a) na jakie
b) promotor się przypierdzieli, bo to nie będzie SI

Przykladowe wartosci do przedstawienia na jednym takim diagramie to [w a.u.]:

-646,499346248

-645,842343146
-645,852575856
-645,852440887
-645,778106307

-645,866923481
-645,868512298
-645,866256558
-645,789829042

Jak widac, roznice bardzo małe. A na diagramie to już nic nie widać.

#studbaza #studia #chemia #pytanie #kiciochpyta

[a.....y]

@farmaceut skala logarytmiczna i cześć

[Iperyt]

Probuje to na cztery sposoby:

- W atomowych jednostkach energii [a.u.] - bardzo małe różnice są wtedy;

- W kcal/mol - bardzo duże liczby powstają;

- Relatywnie, w jednostkach atomowych (wyjsciowa struktura 0 a.u.) - zbyt małe różnice...;

- Relatywnie, w kcal/mol - zbyt duży przeskok między energią zrelaksowanych i niezrealksowanych.

@farmaceut: Jeśli masz w a.u i są małe różnice to może warto po prostu mieć mniejszą skalę, tak aby najbardziej

[farmaceut]

@adgebworthy: Tak, w diagramie energetycznym. (－‸ლ)
@Iperyt: Problem programu i jednak zbyt dużych różnic (spójrz na obrazek). W J/molach może pyknąć, zaraz sprawdzę. Myslalem, aby zrobic pod postacią notacji wykładniczej, tylko dziwnie będzie wyglądac np. -645789 *10^-3 kJ/mol

[a.....y]

@farmaceut co ta chemia, niech żyją normalne nauki techniczne, gdzie skala logarytmiczna zawsze jest spoko

[Iperyt]

Problem programu i jednak zbyt dużych różnic (spójrz na obrazek). W J/molach może pyknąć, zaraz sprawdzę

@farmaceut: Praktycznie nie widziałem aby ktokolwiek zajmujący się chemią obliczeniową robił te wykresy w skali. Ważne są wartości barier energetycznych poszczególnych etapów reakcji a nie sama skala.

[denuke]

@farmaceut: w diagramach energetycznych korzysta się ze skali liniowej, a nie logarytmicznej?

[farmaceut]

@Iperyt: . . . Oświeciłeś mnie pod pewnym względem. Zaraz coś sprawdzę jeszcze ( ͡° ͜ʖ ͡°)

[Q.....o]

@Iperyt: Potwierdzam! :)

[farmaceut]

@Quantistico: @Iperyt: Szkopuł tkwi w tym, że nawet te małe różnice mają dla mnie znaczenie i muszę je jakoś przedstawić, bo potem owe energie są brane do rozkładu Boltzmanna.

[92feliks]

@farmaceut: a te poziomy nie są praktycznie już zdegenerowane? Co do przedstawienia, na dole masz sporo miejsca, zrób insety z powiększeniem dla zobrazowania szczegółów
btw, w czym rysowałeś wykresiki? wygląda na matplotliba

[farmaceut]

@92feliks: To jest diagram przedstawiający zmianę energii w procesie oderwania atomu wodoru z cząsteczki - czerwony jest stanem pośrednim. Insety ciężko, bo calosc jest generowana przez skrypt Pythona

[92feliks]

@farmaceut: no to własnie prościej :D przeczytaj sobie dokumentację jak wstawić insety i odpowiednio zdefiniuj tylko nowe osi x i y (możesz tozrobić na sztywno, ale też jak się pokmini to można bardziej ogólny kod napisać)
co do zmiany energii, to skoro to jest reakcja, to nie wiem czy tak powinien ten wykres wyglądać, bo póki co wygląda bardziej jak wykresy w polu krystalicznym czy innych rozszczepieniach - nie lepiej krzywe

[farmaceut]

@92feliks: Dokumentacji tu nie ma (https://www.wykop.pl/wpis/31020815/mam-pytanie-jak-uzyc-tego-skryptu-ʖ-potrzebuje-zr/) :P
Kwestia wizualna pod tym względem jest wtórna... Istotniejsze wydaje mi się to, aby po prostu zrobić go tak, żeby widzieć wszystko co trzeba :)

[92feliks]

Istotniejsze wydaje mi się to, aby po prostu zrobić go tak, żeby widzieć wszystko co trzeba :)

@farmaceut: no to insety były by najbardziej wskazane - inaczej trudo zobrazować takie duże różnice i jednocześnie niewielkie w tych energiach
żeby to zmienić, ściągasz bibliotekę i szukasz funkcji odpowiedniej i ją zmieniasz pod swoją komendę - dlatego Python jest fajny
def plot(self,show_IDs=False): w tej funkcji masz rysowanie, dodaj blok z rysowaniem insetów (albo

[farmaceut]

@92feliks: Kompletnie nie znam się na Pythonie :P Jak widzisz z tamtego wpisu ile czasu zajęło, abym go ustawił to co dopiero próba zaimplementowania czegoś nowego...( ͡° ʖ̯ ͡°) A tak potrzebny...

[farmaceut]

@92feliks: Może coś takiego: https://matplotlib.org/gallery/api/axes_margins.html#sphx-glr-gallery-api-axes-margins-py

[farmaceut]

@92feliks: Albo to: https://matplotlib.org/examples/axes_grid/inset_locator_demo2.html
?